Vor der Besiedlung durch die Spanier waren große Teile Jamaikas von einem dichten Regenwald bedeckt, heute werden viele dieser Flächen zu landwirtschaftlichen Zwecken benutzt. Lediglich Regionen an der Nordküste, das Cockpit County und die Pedro Bank sowie die höchsten Regionen der Blue Mountains sind weitestgehend in ihrem ursprünglichen Zustand erhalten.
Auf der abgeschiedenen Insel haben sich viele Tier- und Pflanzenarten entwickelt, die es nur hier gibt.
Das Cockpit County ist ein wichtiges Rückzugsgebiet für Vögel. 79 der 100 auf der Insel vorkommenden Arten sind hier zu finden, darunter auch der nur auf Jamaika lebende Nationalvogel, der Wimpelschwanz. In den zahlreichen Höhlen leben verschiedene Fledermausarten. Einige Kolonien umfassen mehr als 50.000 Tiere. Die Jamaikaeule und die Jamaikaboa, das größte Landraubtier, ernähren sich von den Flugtieren.
1990 wurde der 79 Hektar große Crow Mountains National Park in den Blue Mountains eingerichtet. Neben Mahagonigewächse wie der Swietenia wachsen vor allem Zedern und Mahoe. Der Regenwald beherbergt 28 Vogelarten, die nur hier vorkommen. Der giant swallowtail butterfly, ein Ritterfalter, gilt als einer der größten Schmetterlinge der Welt.
Außer Sandbänken und ausgedehnten Seegrasfeldern bietet die Pedro Bank die letzten noch gut erhaltenen Korallenriffe des Landes. Obwohl die Bank ein wichtiges Fischereigebiet ist und immer mehr Touristen anlockt konnten die Behörden sie durch gesetzliche Regelungen und intensive Überwachungsmaßnahmen vor der Zerstörung bewahren. Die kleinen Inseln werden unter anderem von Maskentölpeln und Rosenseeschwalbe aber auch von der bedrohten Karettschildkröte zur Eiablage benutzt. Sie sind teilweise als Schutzgebiete ausgewiesen. In der Bank und entlang der Küste leben die seltenen Karibik-Manatis.