Wegen Korruptionsvorwürfen wurden 2005/06 zehn Minister entlassen oder traten wegen größerer Finanzskandale (Anglo-Leasing-Skandal und Goldenberg-Skandal) selbst zurück. Zu den aus mangelnder Loyalität zur Regierung von Präsident Kibaki 2006 entlassenen Ministern gehörten unter anderem Bauminister Raila Odinga und Außenminister Kalonzo Musyoka.
Am 22. März 2006 trat das (nach der für die Regierung gescheiterten Volksabstimmung über die neue Verfassung) von Präsident Kibaki beurlaubte Parlament zur neunten Periode zusammen. Kibaki äußerte sich zur neuen Verfassung und positiv zum Kampf gegen die Korruption. Er bejahte die Pressefreiheit (hier bezog er sich auf den "Sturm auf den Standard", siehe weiter unten), mahnte die Presse aber gleichzeitig zur Verantwortung.
Am 28. November 2006 gelang in der KANU ein interner Parteicoup, in dem durch eine nicht durch die Führung der Partei einberufene Delegiertenkonferenz in Mombasa eine neue Parteiführung gewählt und wohl mit Hilfe der Regierung und Ex-Präsident Moi registriert wurde. Damit wurde trotz lautstarker Proteste Uhuru Kenyatta fast die gesamten alte Parteiführung entmachtet und Nicolas Biwott neuer Parteichef. Gleichzeitig wurde er damit auch der mit zahlreichen Privilegien versehene offizielle Führer der Opposition im Parlament.
Der Oberste Gerichtshof (High Court) hob diese Entscheidung am 29. Dezember 2006 aber wieder auf, bis in der Hauptsache am 11. Februar 2007 entschieden würde. Damit war Uhuru wieder Partei- und Oppositionsführer - auf Zeit.