Im Januar 2006 litt der Nordosten des Landes unter den Folgen einer Dürre und dem damit einhergehenden Nahrungsmittelmangel, von dem auch in den angrenzenden Ländern bis zu 3 Millionen Menschen bedroht waren.
Anfang April 2006 kam es nach rekordartigen Regenfällen (Nairobi: 54,5 mm) im ganzen Land zu Überflutungen. Einige Menschen starben in den Fluten. Mehrere Orte im Norden waren von der Außenwelt abgeschnitten, so dass die Armee Hubschrauber zur Versorgung der Bevölkerung einsetzte.