Im allgemeinen Sprachgebrauch und in den Medien Deutschlands herrscht eine gewisse Unklarheit über den genauen Landesnamen. Die laut Auswärtigem Amt offizielle deutschsprachige Landesbezeichnung lautet Kirgisistan. Ebenfalls verbreitet sind der Name Kirgistan sowie die zu Sowjetzeiten gängige Bezeichnung Kirgisien. Die Bezeichnungen Kirgisistan und Kirgistan auf der einen, sowie Kirgisien auf der anderen Seite, enthalten jeweils unterschiedliche politische Untertöne. Der Name Kirgisien stellt eine Eindeutschung der russischen Bezeichnung Киргизия/Kirgisija dar, die während der Zarenzeit und in der Sowjetunion galt. Nach dem Zerfall der Sowjetunion versuchten die Kirgisen, ihre nationale Identität durch die Rückbesinnung auf ihre turksprachige Kultur zu stärken und wählten als Landesnamen Кыргызстан/Kyrgysstan. Dieser Name mit der ursprünglich persischen Endung für Region oder Land „-stan“ unterstreicht die kulturelle Beziehung zu anderen turksprachigen Ländern wie Kasachstan, Usbekistan und Turkmenistan. Umstritten ist hier, ob die korrekte Übertragung dieser Bezeichnung ins Deutsche Kirgisistan oder Kirgistan lautet. Kirgistan kommt der Aussprache des Landesnamens in kirgisischer Sprache am nächsten, ist jedoch strenggenommen nicht korrekt, da diese Bezeichnung den Namen des Volkes verkürzt (das „i“ stellt den Genitiv dar) und übersetzt „Land der Kirgen“ bedeuten würde. Der einzige amtliche deutsche Name des Landes, den das Auswärtige Amt verwendet, lautet daher Kirgisistan (=„Land der Kirgisen“).