Da der Äquator durch Kolumbien läuft, liegt das Land in der tropischen Klimazone. Der Norden, also die Karibikküste, liegt in der subtropischen Zone. Je nach Meereshöhe unterscheidet man vier Klimazonen. In den Flachländern (Llanos) herrscht tropisches Klima über 24° C, zwischen 1.000 und 2.000 m gemäßigtes Klima (17-24° C), zwischen 2.000 und 3.000 m kaltes (12-17° C) und in den Bergregionen (Páramos) ab 3.000 m Höhe hochalpines Gletscherklima (unter 12° C).
Die Hauptstadt Bogotá liegt in einer Höhe von 2.600m über dem Meeresspiegel und hat ein Jahresmittel von 14°C. Jährlich gibt es zwei Regenzeiten (April und Oktober) und zwei Trockenzeiten, die aber nicht extrem ausfallen.
Am Westrand der Anden fällt die größte Menge an Niederschlag. Im südlichen Teil des Landes werden ca. 3.000 mm Niederschlag pro Jahr gemessen, im Norden bis zu 10.000 mm. Einige Orte mit einem Niederschlagsvolumen von bis zu 16.000 mm im Jahr gehören zu den regenreichsten Gebieten der Erde.
In den östlichen Landesteilen regnet es weniger stark. Die Niederschlagsmenge in den Hochtälern und Hochbecken beträgt aufgrund der Regenschattenseite etwa 1.000 mm. Teile der Karibikküste sind aufgrund des Passatwindes sehr regenarm (unter 400 mm Niederschlagsmenge pro Jahr und m²).