Um 975 n. Chr. landete eine persische Expedition aus Schiras auf den Komoren. Doch erst Anfang des 16. Jh. ließen sich Perser und Araber auf den vier Hauptinseln nieder. Sie gründeten ihre Sultanate vorwiegend in der Küstengegend und drängten die alte Bevölkerung, afrikanische und semitische Bauern, in das Innere der Inseln ab. Die Europäer, die die Komoren seit der frühen Neuzeit aufsuchten, vermochten lange Zeit keinen prägenden Einfluss auszuüben. Die von Portugiesen, Niederländern und Franzosen im 16. Jh. gegründeten Niederlassungen wurden schon bald wieder aufgelöst. Bis Mitte des 19. Jh. blieb der arabisch-islamische Einfluss dominierend. Die Sultane eigneten sich größere Ländereien an, die sie von einheimischen Arbeitskräften, häufig aber auch von aus Ostafrika herbeigeschafften Sklaven bewirtschaften ließen.
In der ersten Hälfte des 19. Jh. begann die Rivalität zwischen Frankreich und Großbritannien um die Inseln im westlichen Indischen Ozean. Im Raum der Komoren setzte sich Frankreich durch, das 1841 und 1843 Mayotte in seinen Besitz nahm. 1886/87 kamen auch die restlichen drei Inseln unter französische Schutzherrschaft; 1909 dankte der letzte Sultan der Insel Anjouan ab. 1912 wurden die Inseln mit Mayotte zur Kolonie zusammengeschlossen und 1914 dem Generalgouverneur von Madagaskar unterstellt. Während des Zweiten Weltkriegs wurden die Inseln, die sich für die Vichy-Regierung von Marschall Philippe Pétain erklärt hatten, vorübergehend von britischen Truppen besetzt. 1946 erhielten die nun nicht mehr von Madagaskar aus verwalteten Komoren den Status eines französischen Überseeterritoriums mit administrativer Autonomie. 1956 garantierte Frankreich das Wahlrecht und den Übergang zu voller innerer Autonomie, die allerdings erst im Januar 1968 schließlich endgültig gewährt wurde.
Als Kandidat einer gemeinsamen Liste der politischen Gruppierungen der Inseln wurde 1957 Mohammed Ahmed zum Regierungschef gewählt. Nach einem Referendum gab das Landesparament 1958 seine Zustimmung zur Beibehaltung des Status eines französischen Überseeterritoriums; nur die Vertreter Mayottes hatten für eine engere Anbindung an Frankreich plädiert und den Status eines Departements gefordert. 1961 übernahm der einer ehemaligen Sultansfamilie entstammende Prinz Said Mohammed Cheikh die Regierung. Nach dessen Tod 1970 begann unter Said Ibrahim, der eine ausgesprochen profranzösische Politik betrieb, eine Phase politischer Instabilität. Die ab 1972 amtierende neue Regierung unter Ahmed Abdallah Abderrahman erklärte dann am 6. Juli 1975 einseitig die Unabhängigkeit der Komoren. Nur Mayotte verblieb weiterhin bei Frankreich. Nach der Ermordung Abderrahmans übernahm 1989 Said Mohammed Djohar das Präsidentenamt.
Nach mehreren fehlgeschlagenen Putschversuchen französischer Söldner wurde Djohar durch einen Staatsstreich 1995 entmachtet. Nach der Niederschlagung des Putsches durch die französische Armee erklärte sich Ministerpräsident Caabi Elyachroutu zum Übergangspräsidenten und bildete eine neue Regierung. Nach schweren innenpolitischen Auseinandersetzungen zwischen den einzelnen Inseln wurde 2001 eine neue Verfassung geschaffen, die den Inseln mehr Rechte einräumt.