Im gesamten Land gibt es sehr wenige Bäume. Diese beschränken sich hauptsächlich auf Lagen in geschützten Tälern oder Anpflanzungen. Am häufigsten anzutreffende Baumarten sind Eukalyptusbäume, Akazien und in den Dörfern Pfirsichbäume. In den Höhenlagen des Landes kommen in den Flusstälern Weiden vor. Ferner fallen viele Aloearten auf. Die Spiralaloe (Aloe polyphylla, Sesotho: lekhala) ist in Lesotho endemisch. Interessant ist auch der Bergkohlbaum (Cussonia paniculata), der bis zu drei Meter hoch werden kann. Die Wildformen der Cosmea, Zinnie und Tagetes und viele andere Pflanzen sind recht häufig. Einige Pflanzenarten, wie die beiden letztgenannten, sind von Mittel- und Südamerika ins Land gebracht worden.
Die Tierwelt ist geprägt durch kleinere Tiere. Größtes wild lebendes Säugetier ist die Rehantilope (Pelea capreolus, Sesotho: letsa), die knapp Rehgröße hat. Auffällig sind Vögel wie Storch, Ibis, Reiher und Geier, darunter der seltene Bartgeier. Ein Weißstorch, der in Rossitten in Ostpreußen beringt worden war, wurde in den 1920er Jahren im heutigen Lesotho gefunden. Zu den kleineren Vögeln gehören Webervögel und der Nektar saugende Malachitnektarvogel. Reptilien, darunter einige Schlangenarten, Amphibien und wenige Fische finden sich ebenfalls, sowie zahlreiche Insekten und andere kleine Tiere, ähnlich wie in den benachbarten Ländern. An Haustieren werden vor allem Rinder gehalten, aber auch Pferde, Schafe, Ziegen, Esel, Hühner, Hunde und Katzen.
Um 1830 fand man noch Flusspferde, Zebras, Gnus, Strauße und vereinzelt Löwen im heutigen Lesotho.