Das Bergland von Lesotho wurde etwa 25.000 v. Chr. von den San, einem Jäger- und Sammlervolk, besiedelt. Von den zahlreichen Höhlen- und Felsmalereien, die diese Völker im Südlichen Afrika hinterlassen haben, sind etwa 5.000 in Lesotho zu finden, beispielsweise bei Ha Baroana etwa 50 km östlich von Maseru. Während der Wanderung der Bantu-Stämme, die etwa im 4. bis 5. Jahrhundert begann, gelangten die Nguni-Völker in das südliche Afrika und ließen sich als Bauern und Hirten nieder. Während der nächsten Jahrhunderte wurde das Gebiet des heutigen Lesotho von Norden kommend von den Bantu besiedelt. Die bis dahin dort ansässigen San wurden von den Basotho- und verwandten Tswana-Gruppen etwa ab dem 11. Jahrhundert immer weiter verdrängt und sind heute in diesen Regionen Südafrikas und Lesothos gar nicht mehr beheimatet. Ab dem 14. Jahrhundert umfasst das Siedlungsgebiet der Basotho große Teile der heutigen südafrikanischen Provinz Freistaat und den Westteil des heutigen Lesotho, wobei der Siedlungsschwerpunkt an den fruchtbaren Ufern des Caledon lag. Die Bantu lebten dort in kleinen Gemeinschaften hauptsächlich von Ackerbau und Viehzucht, wobei das knappe nutzbare Land immer wieder zu Unruhen unter benachbarten Stämmen führte.