Zu Beginn des 19. Jahrhunderts vergrößerte der große Zulu-König Shaka sein Reich immer weiter. Das Gebiet, auf dem die Stämme der Basotho lebten, sollte als Nächstes folgen. Dies war die düstere Zeit der Lifaqane (deutsch etwa: die Notzeiten), in der räuberische Horden die Bevölkerung terrorisierten. Es herrschte eine Hungersnot, die so schwer war, dass in einigen Teilen Lesothos Kannibalismus betrieben wurde[1].
In heftigen Auseinandersetzungen war es den Basotho, vereinigt und geführt vom 1820 zum Häuptling ernannten Moshoeshoe I., möglich, sich gegen den Ansturm der Zulu zu wehren und ihr Land zu sichern. Moshoeshoe ließ Festungen in Butha-Buthe und Thaba Bosiu errichten, wo er vielen Flüchtlingen Schutz bot. Durch geschickte Verhandlungen gelang es ihm, sein Einflussgebiet zu erweitern, indem er sich die Gunst und das Vertrauen benachbarter Stämme sicherte. Er wird daher oft als Moshoeshoe der Große bezeichnet und gilt als Gründer der Basotho-Nation. Als Unterstützung in der Außenpolitik seines Königreichs gewann er den französischen Missionar Eugène Casalis.
Ab dem Jahr 1830 drangen die Buren auf der Suche nach Land für neue Siedlungen vor und überqueren erstmals den Vaal. Als immer mehr Voortrekker als Folge der Spannungen zwischen Niederländern und Briten am Kap im sogenannten Großer Treck zwischen 1836 und 1838 nach Nordosten zogen, kam es zu Auseinandersetzungen der Europäer mit den Truppen Moshoeshoes. Soldaten des neu gegründeten Oranje-Freistaats drangen immer weiter in das Siedlungsgebiet der Basotho, was Häuptling Moshoeshoe dazu veranlasste, die Briten um Schutz zu ersuchen. 1843 wurde zwischen den Basotho und der britischen Kapkolonie ein Schutzvertrag unterzeichnet, der aber im Jahr 1859 wieder aufgelöst wurde, um die angespannten britischen Beziehungen zu den Burenrepubliken zu entlasten. Einem erneuten Angriff der burischen Truppen 1865 konnte das Reich Moshoeshoes nicht standhalten und musste einen Großteil seiner fruchtbaren Gebiete auf dem Highveld an den Oranje-Freistaat abgeben. Kurz vor einer endgültigen Niederlage der Basotho griffen die Briten ein, da sie eine zu große Ausdehnung der Burenstaaten fürchteten, und stellten das verbliebene Land im Jahr 1868 als Basutoland unter britisches Protektorat. Moshoeshoe gelang es jedoch, durch geschickte Diplomatie die Autonomie seines Reiches sicherzustellen. Ein Jahr nach dessen Tod 1870 ging die Autonomie verloren und Basutoland wurde an die Kapkolonie angeschlossen.