Dem Basotho-Volk unter dem neuen König Letsie I. wurde keine Vertretung im Parlament der Kapkolonie gewährt, worauf hin es zu Aufständen gegen die Briten kam. Dies führte dazu, dass sämtliche Schusswaffen der Basotho konfisziert wurden. Der darauf folgende so genannte Gun War zwischen 1879 und 1883 war für die Kapkolonie derart kostspielig und erfolglos, dass Basutoland im Jahr 1882 wieder direkt unter britische Verwaltung gestellt wurde und im Jahr 1884 zur britischen Kronkolonie erklärt wurde.
Als im Jahr 1910 die Südafrikanische Union gegründet wird, lehnte Basutoland, ebenso wie Betschuanaland (heute: Botsuana) und Swaziland die Eingliederung in den neuen unabhängigen Staat ab. Im Jahr 1938 beschloss die britische Regierung eine Verwaltungsreform, durch die die Zahl der Stammeshäuptlinge und deren Machtfülle drastisch reduziert wurde. Dies und der Strukturwandel innerhalb des Landes, hauptsächlich Verstädterung und bessere Bildungsmöglichkeiten, führte während der folgenden Jahrzehnte zu einem deutlichen Einflussverlust des Königshauses und der Chiefs. Nach dem Zweiten Weltkrieg, an dem auch einige tausend Soldaten aus Basutoland auf Seiten der Alliierten teilnahmen, wuchs das Bestreben nach Unabhängigkeit und führte zur Gründung mehrerer Unabhängigkeitsbewegungen, wie der Basotho National Party (BNP) oder der Basotho Congress Party (BCP). 1959 wurde die erste Kolonialverfassung unterzeichnet und erlaubte im Jahr 1960, dem Krönungsjahr von Moshoeshoe II., die ersten freien Wahlen des Landes. Die folgenden Wahlen des Jahres 1965 gewann die BNP knapp und führte Basutoland ein Jahr später mit dem neuen Namen Lesotho in die Unabhängigkeit. Als Staatsform wurde die konstitutionelle Monarchie gewählt, erster Premierminister Lesothos wurde der BNP-Vorsitzende Leabua Jonathan.