Die Insel ist ursprünglich nahezu komplett bewaldet gewesen. Die küstennahen Zonen sind dabei von tropischem Tieflandregenwald bedeckt. Von den ursprünglichen Regenwäldern sind nur noch 4 % erhalten. Die größten zusammenhängenden Regenwaldflächen, die noch existieren, liegen auf der Masoala-Halbinsel. Von Osten nach Westen geht der Regenwald allmählich über die Feuchtsavanne, in die Trocken- und im Süden auch Dornsavanne über.
Fast 90 % der Insel sind nunmehr von Steppe bedeckt, Wiederaufforstungsversuche waren bislang weitgehend erfolglos, eine natürliche Rekultivierung der Brachflächen durch den Wald findet so gut wie nicht statt. Die fruchtbarsten Böden liegen in der Nähe der Hauptstadt, sind aber durch deren Expansion stark bedroht.