Der Islam, zu dem sich 60 % der Bevölkerung bekennen, ist Staatsreligion. Nach der Verfassung des Landes sind alle ethnischen Malaien von Geburt automatisch Muslime. Ein Abfallen vom Islam wird höchst ungern gesehen und ist nur mit großer Mühe möglich. Hierzu ist zunächst ein „Borang Keluar Islam“ (Formular zum Austritt aus dem Islam) auszufüllen. Anschließend muss ca. zwei Jahre bewiesen werden, dass man nicht doch noch zum Islam bekehrt werden kann. Dies erfolgt in Gesprächen mit einem Imam. Am Ende des Prozederes muss ein Sharia-Gericht über den Austritt entscheiden. Da die Verfassung jedoch Religionsfreiheit verbrieft hat kann der Austritt einem wirklich Austrittswilligen nicht verwehrt werden. Aufgrund der massiven Umstände, die ein solcher Austritt erfordert, wird er relativ selten genutzt. Die Chinesen sind meist Buddhisten (20 %) oder hängen anderen chinesischen Religionen wie Daoismus und Konfuzianismus an (2,6 %). Christen (9 %) gibt es in allen ethnischen Gruppen. Die Inder sind überwiegend Hindus (6 %). Muslime werden gegenüber Angehörigen anderer Religionen bewusst staatlich bevorzugt. Christliche Presse kann in Malaiisch nur unter Schwierigkeiten veröffentlicht werden, Veröffentlichungen in Englisch, Chinesisch und auch Tamil sind jedoch unproblematisch erhältlich. Völlig unbeschränkt ist die Verteilung von Schriften nur an Mitglieder von Vereinigungen oder in Kirchen. Diese unterliegen nicht wie öffentlich angebotene Publikationen der Zensur. Der Bau von Kirchen kann in Ballungszentren mitunter zu kleinen Schwierigkeiten mit der Planungsbehörde führen, Diskriminierungen gegenüber anderen Glaubenshäusern bestehen aber nicht. Im Osten Malaysias gibt es jedoch auch eine Minderheit von christlichen Malayen, die im 16. Jahrhundert von Spaniern christianisiert wurden und ihrer Religion bis heute treu geblieben sind.