Das durchschnittliche Klima Namibias lässt sich kurz und knapp als heiß und trocken umschreiben. Das weitestgehend aride Klima ist subtropisch kontinental. Dabei gibt es große Unterschiede zwischen den einzelnen Landesteilen:
In der Namib westlich der Abbruchstufe sind Niederschläge äußerst selten. Es weht das ganze Jahr über ein warmer kräftiger Wind. Sogar im Winter erreichen die Temperaturen oft 25 °C und mehr. In den heißesten Sommermonaten Dezember und Januar liegen die Temperaturen meist deutlich über 30 °C, während sie in den kältesten Monaten Juli bis August bis zum Gefrierpunkt sinken können, tagsüber dann aber wieder auf um die 25 °C steigen. Die Temperaturunterschiede zwischen Tag und Nacht sind also sehr groß. Morgens und abends ist besonders im Winter mit Temperatursprüngen von mehr als 20 °C innerhalb weniger Stunden zu rechnen. Im Binnenhochland kann es wegen der großen Höhe nachts sogar Frost und in ganz seltenen Jahren auch Schneefälle geben. Tagsüber ist es dort nicht ganz so heiß, wie in der Wüste. In der Kalahari verhält es sich ähnlich wie in der Namib. Die Niederschläge sind etwas häufiger aber immer noch wüstentypisch selten.
Der Caprivi-Streifen hingegen ist geprägt von häufigen Niederschlägen. Diese haben ein ausgedehntes Flusssystem und einen dicht bewachsenen tropischen Urwald entstehen lassen. Die Luftfeuchtigkeit ist hier, im Gegensatz zu den anderen Landesteilen, sehr hoch.
Die Atlantikküste wiederum wird durch den kalten Benguelastrom bestimmt. Dieser kühlt den vorherrschenden Südwestwind stark ab, was infolge von Kondensation die Bildung von (Regen-)Wolken verhindert und regelmäßig einen dichten anhaltenden Nebel in Bodennähe erzeugt. Die Temperaturen im Sommer sind hier angenehm kühl und in den Wintermonaten mitunter auch tagsüber empfindlich kalt. Die Wassertemperatur erreicht selten mehr als 15 °C.
Der größte Teil Namibias liegt im tropischen Sommerregengebiet, das heißt mit zwar unregelmäßigen, aber gelegentlich sehr heftigen Regenfällen zwischen November und April; der äußerste Süden dagegen liegt im Winterregengebiet, so dass Regenfälle – wenn überhaupt – vor allem in den Monaten Juni und Juli auftreten. Bei aller Unregelmäßigkeit der Regenfälle hinsichtlich Häufigkeit und Ergiebigkeit nehmen diese ausgehend vom Süden mit unter 50 mm pro Jahr in Richtung Nordosten mit bis zu 600 mm pro Jahr deutlich zu, was allerdings regionale Trockenperioden von mehreren Jahren nicht ausschließt.
Aufgrund der besonderen klimatischen Verhältnisse ist eine landwirtschaftliche Nutzung des Landes nur in beschränktem Maße möglich: im trockenen Süden vor allem Viehzucht, im relativ regenreichen Norden auch Ackerbau. Eine Besonderheit der Namib sind die Dünen im Gebiet von Sossusvlei. Sie sind als die höchsten Sterndünen der Welt bekannt und erreichen eine Höhe von mehr als 300 m. Der Reiz dieser Dünenlandschaft liegt aber nicht allein in ihrer Höhe, sondern vor allem in dem vom Feuchtigkeitsgehalt und Sonnenstand abhängigen Farbenspiel der Dünen.