Die wichtigsten Religionen (Stand: Dez. 2005) sind das Christentum (Katholizismus (27 %), Protestantismus (18 %)) und der Islam (6 %). Die zwei größten Kirchen sind die niederländische römisch-katholische Kirche (27 %), und die Protestantse Kerk Nederland (PKN) (12 %), alle anderen Kirchen sind deutlich kleiner und stellen weniger als ein Prozent der Gesamtbevölkerung. 47 % der Niederländer fühlen sich keiner Religionsgemeinschaft zugehörig.
Bis in die 1960er Jahre war die Mehrheit der Bevölkerung protestantisch, was hier vor allem calvinistisch bedeutet. Ein gutes Drittel war katholisch. Der Norden des Landes ist traditionell protestantisch, während im Süden die Katholiken die Bevölkerungsmehrheit stellen. In der Mitte des Landes gibt es einen sogenannten Bijbelbelt (Bibelgürtel) mit erhöhtem Anteil strenger Calvinisten. Eine Kirchensteuer wird in den Niederlanden nicht erhoben.
Religiöse Minderheiten sind Juden, Hindus (vor allem aus Suriname) und Buddhisten.