Fast alle Einwohner Osttimors sind christlichen Glaubens (95 %). Über 92 % der Gesamtbevölkerung sind Katholiken; Protestanten bilden eine christliche Minderheit (3 %). Es gibt Minderheiten von Muslimen (5 %), Hindus und Buddhisten. Der traditionelle animistische Glaube ist weitgehend verschwunden. Allerdings tauchen animistische Elemente im katholischen Ritus und im Alltag auf.
Der katholische Glaube war während der portugiesischen Kolonialherrschaft auf die Hauptstadt Dili und wenige größere Orte beschränkt. Die Mehrheit der Bevölkerung waren Animisten. Um 1975 betrug der Anteil der Katholiken an der Bevölkerung nur etwa 30 %. Während des Freiheitskampfes gegen Indonesien wurde die katholische Kirche jedoch zur einigenden Klammer zwischen den zwölf größeren Stammesverbänden gegen die überwiegend muslimischen Indonesier. In keinem anderen Land der Erde hat die katholische Kirche einen derart großen Zuwachs erreicht. Sie verdankt das unter anderem dem damaligen Apostolischen Administrator der 1940 errichteten Diözese Dili, Martinho da Costa Lopes, der gegen die Menschrechtsverletzungen der Indonesier predigte. 1983 musste er auf Druck Jakartas abdanken und wurde ersetzt durch Carlos Filipe Ximenes Belo. Doch auch er wandte sich gegen die Besatzer. In einem offenen Brief an den Generalsekretär der Vereinten Nationen forderte er ein Referendum über die Eigenständigkeit Osttimors. Weiteren Auftrieb erhielt die katholische Kirche 1989 durch den Besuch von Papst Johannes Paul II. in Osttimor. 1996 erhielt Bischof Belo, zusammen mit José Ramos-Horta, für sein gewaltloses Eintreten für die Freiheit Osttimors den Friedensnobelpreis. Die Befreiungsbewegung FRETILIN hatte zwar kommunistische Züge, deren Führer wurden aber stark durch die Befreiungstheologie Lateinamerikas von katholischen Priestern beeinflusst.
Im Jahr 1996 wurde die Diözese Baucau eingerichtet (eine dritte ist nach Angaben des Premierminister Ramos-Horta in Planung). Sowohl Dili als auch Baucau sind kirchenrechtlich direkt dem Heiligen Stuhl unterstellt. Zu den Feierlichkeiten für die Unabhängigkeit wurde 2002 eine Marienstatue aus Fátima (Portugal) nach Dili verschifft. Das Land wurde der Mutter Gottes von Fátima geweiht. Osttimor ist laut Verfassung ein säkularer Staat und es herrscht Religionsfreiheit. Premierminister Ramos-Horta betonte aber in seiner Antrittsrede die Bedeutung der katholischen Kirche als ein das Land vereinigendes und zwischen den verschiedenen Konfliktparteien aussöhnendes Element. In einem nächsten Schritt entsendete 2007 die Regierung mit Justino Maria Aparício Guterres den ersten ständig beim Heiligen Stuhl akkreditierten Botschafter, um die Beziehungen zum Vatikan weiterentwickeln. Außerdem erwartet man die Entsendung eines apostolischen Nuntius nach Osttimor.
Ausserdem gibt es eine Reihe von Jugendbewegungen, wie etwa Colimau 2000 oder die Sagrada Familia, deren Ideologien quasi-religiöse Züge tragen. Diese Gruppen verwenden dafür christliche und auch animistische Elemente und haben jeweils einige hundert bis einige tausend Mitglieder[11]