Timor wurde ab 40.000 v. Chr. in mindestens drei Wellen von Austronesen, Melanesiern und Proto-Malaien besiedelt. Die Insel teilte sich nach Berichten der Portugiesen in drei lose Herrschaftsgebiete, die sich wiederum in mehrere kleine Königreiche teilten. Heirat- und Bündnispolitik bildete ein Netzwerk das praktisch die gesamte Insel miteinander verband. Im 16. Jahrhundert gründeten die Portugiesen ihre Kolonie Portugiesisch-Timor, deren endgültige Grenzen zum holländischen Teil der Insel erst 1916 festgelegt wurden. Beide Kolonialmächte waren lange Zeit noch auf die traditionellen Herrschaftsstrukturen angewiesen, um ihre Territorien zu verwalten. Ständig kam es zu Aufständen gegen die Europäer. Japanische Truppen besetzten die gesamte Insel von 1942 bis 1945, obwohl Portugal im Zweiten Weltkrieg ein neutrales Land war. Die Folge war ein Guerillakrieg, den alliierte Truppen gegen die Japaner auf der Insel führten, der als die Schlacht um Timor bekannt wurde. Auf beiden Seiten kämpften auch Timoresen mit. Allein in Portugiesisch-Timor starben zwischen 40.000 und 70.000 Menschen. Während Westtimor als Teil Indonesiens nach dem Weltkrieg in die Unabhängigkeit entlassen wurde, blieb Osttimor weiter eine portugiesische Überseeprovinz.
Erst 1974 änderte die Nelkenrevolution in Portugal die Verhältnisse. 1975 sollte die Kolonie für die Unabhängigkeit vorbereitet werden, doch es kam zu einem Bürgerkrieg um die Macht zwischen den beiden größten Parteien FRETILIN und UDT, aus dem die FRETILIN erfolgreich hervorging. Sie rief am 28. November 1975 die Unabhängigkeit aus, doch nur neun Tage später annektierte Indonesien das Land und machte es trotz internationaler Verurteilung zu seiner 27. Provinz Timor Timur. Infolge der 24 Jahre indonesischer Besatzung starben bis zu 183.000 der 800.000 Einwohner. Nach einem Referendum im Jahre 1999, das zu Gunsten einer Unabhängigkeit ausging und weitere Gewalt durch pro-indonesische Milizen und der indonesische Armee zur Folge hatte, entsandten die Vereinten Nationen unter australischer Führung die Friedenstruppe INTERFET. Osttimor kam unter Verwaltung der UNTAET, bis es schließlich am 20. Mai 2002 endgültig unabhängig wurde.