Im äußersten Norden Pakistans treffen mit dem Hindukusch, dem Karakorum und dem Himalaya die drei höchsten Gebirgszüge der Erde zusammen und schirmen das Land von Zentralasien ab. Der Hindukusch erstreckt sich von der afghanischen Grenze im Westen bis zum Oberlauf des Indus im Osten und erreicht mit dem Tirich Mir eine Höhe von knapp 7700 Metern. Im stark vergletscherten Karakorum, nördlich des Indus, liegt der K2, mit 8611 Metern Höhe die höchste Erhebung Pakistans und der zweithöchste Gipfel der Erde. Südlich des schmalen Hochtals des oberen Indus hat das Land einen kleinen Anteil am Himalaya mit dem Nanga Parbat (8125 Meter). Fünf der weltweit 14 Achttausender liegen auf pakistanisch kontrolliertem Gebiet.
Die Ebene des Indus, die sich südlich an die Hochgebirgsregion anschließt, nimmt mehr als ein Drittel der Landesfläche ein. Nachdem der Indus die Hochgebirgsregion des äußersten Nordens verlassen und sich nach Süden gewendet hat, durchquert er zunächst die Potwar-Hochebene zwischen den Städten Peshawar und Faisalabad, die sich im Süden noch einmal zur über 1100 Meter hohen Salzkette auftürmt und dann in das Tiefland des Punjab abfällt. Nur der westliche Teil des „Fünfstromlandes“ Punjab mit den Flüssen Satluj, Chanab, Jehlam und Ravi gehört zum Einzugsgebiet des Indus in Pakistan. Der fünfte große Fluss, der Beas, mündet bereits auf indischem Hoheitsgebiet in den Satluj. Satluj und Chenab vereinigen sich westlich von Bahawalpur zum Panjnad, der kurz darauf in den Indus mündet. Niedrige, doab genannte Erhebungen trennen die flachen Schwemmlandtäler der punjabischen Flüsse voneinander. Südlich der Panjnad-Mündung durchquert der stark mäandrierende Indus eine breite Aufschüttungsebene im Südpunjab und in der Region Sindh. Schließlich mündet er in einem rund 8000 km² großen Delta ins Arabische Meer.
Im Westen Pakistans schirmen die jeweils bis zu 3500 Meter hohen Ketten des Suleiman- und des Brahuigebirges sowie das maximale Höhen von rund 2200 Metern erreichende Kirthargebirge das Industiefland vom durchschnittlich 600 Meter hohen, abflusslosen Hochland von Belutschistan an der Grenze zu Iran ab. Auch Belutschistan durchziehen mehrere Bergketten, die teils bis zu 3000 Meter aufragen. Den südlichen Abschluss Belutschistans bildet das Makrangebirge, das steil zur Makranküste am Arabischen Meer abfällt.
Im Osten begrenzt die Wüste Thar, südlich des Punjab, die Indusstromebene. Im äußersten Südosten hat Pakistan Anteil am Salzsumpf des Rann von Kachchh.