Laut der Volkszählung von 1998 sind 96,3 Prozent der Einwohner Pakistans Muslime. Sie gehören verschiedenen Strömungen an, über deren Stärke aber nur Mutmaßungen angestellt werden können, da sie nicht erfasst werden. Der überwiegende Teil der Pakistaner (bis zu 80 Prozent) praktiziert traditionell eine orthodoxe Form des Islam, besonders in Gebieten mit paschtunischer Mehrheit ist dies die Regel. Religiöse Minderheiten, beispielsweise Hindus, werden immer noch stark unterdrückt und dürfen ihren Glauben in der Öffentlichkeit nicht zeigen.
Unklar ist, wie hoch der Anteil der Zwölfer-Schiiten (Imamiten) an der Bevölkerung Pakistans ist. Die meisten Schätzungen gehen von 15 Prozent aus. Sie sind in Karatschi, Lahore, Sialkot und Jhang sowie in den Nordgebieten stark vertreten. Während der schiitischen Trauerzeremonien im Muharram kommt es in Pakistan häufig zu blutigen Auseinandersetzungen. Daneben sind in Pakistan zwei ismailitische Gruppierungen vertreten. Die Bohras leben vor allem in Karatschi, die Nizaris sind daneben vornehmlich in den Nordgebieten (Gilgit und Hunza) sowie Chitral (Nordwestprovinz) vertreten. Eine schiitische Sondergruppe im äußersten Norden sind die Nurbakhshis.
Die Ahmadis (0,2 Prozent der Bevölkerung), die vor allem in ihrem Zentrum Rabwah sowie um Sialkot herum leben, sind in Pakistan seit 1974 offiziell nicht mehr als Muslime anerkannt; sie sind zunehmender Verfolgung ausgesetzt. Es gibt außerdem Bestrebungen, die in Belutschistan verbreitete Gruppierung der Zikris zu Nichtmuslimen zu erklären.
Im Zuge der Teilung von 1947 verließen fast alle Hindus und Sikhs den Punjab. Im Sindh blieb jedoch etwa ein Drittel der Hindus zurück. Dort beträgt ihr Bevölkerungsanteil 7,5 Prozent, noch höher ist er in der Wüste Thar. Ihr Anteil an der pakistanischen Gesamtbevölkerung liegt bei 1,8 Prozent, einschließlich der unteren Kasten, die in offiziellen Statistiken − etwa bei Volkszählungen – gesondert aufgeführt werden. Etwas niedriger (1,6 Prozent) ist der Anteil der Christen. Sie leben vor allem um Lahore herum, in Rawalpindi und Islamabad sowie in Karatschi. Meist handelt es sich um Nachfahren von Unberührbaren, die während der britischen Kolonialzeit zum Christentum konvertierten. Andere stammen jedoch von Goanern ab, die zu jener Zeit oft als Bedienstete der Kolonialherren tätig waren. Die römisch-katholische Kirche und die aus mehreren britischen protestantischen Gemeinschaften entstandene Church of Pakistan sind etwa gleich stark, hinzu kommen einige von US-amerikanischen Missionen gegründete Kirchen. In Karatschi leben außerdem mehrere Tausend Parsen genannte Anhänger des Zoroastrismus und im äußersten Nordwesten des Landes einige Tausend Kalasha, die den indoeuropäischen Pantheon verehren. Übergriffe gegen Christen und Hindus sind nicht selten. Insgesamt ist das Land von einer Atmosphäre der religiösen Intoleranz geprägt [4].