Obwohl das Staatsgebiet des heutigen Pakistan – bis zu dessen Unabhängigkeit im Jahre 1947 hatte es nie einen Staat dieses Namens gegeben – oft nur Durchzugsland für die Eroberer des indischen Subkontinents oder Randgebiet indischer Großreiche gewesen war, bildete es im Altertum das Kernland der Indus-Kultur, einer der frühesten Hochkulturen der Erde mit hoch entwickelter Landwirtschaft und Handwerk, Städtebau, weit verzweigtem Handelsnetz, fortgeschrittener Wissenschaft und einer eigenen, bis heute nicht entschlüsselten Schrift (Indus-Schrift). Der Beginn der Indus-Kultur wird etwa auf die Mitte des 3. Jahrtausends v. Chr. datiert. Ihr Untergang dürfte sich um 1800 v. Chr. ereignet haben, die Ursachen dafür liegen bis heute im Dunkeln. Die Indus-Kultur erstreckte sich über das Stromtiefland des Indus und seiner Nebenflüsse im Sindh und Punjab bis nach Nordwestindien und Gujarat. Hunderte antike Siedlungen und Städte wurden freigelegt, die bedeutendsten unter ihnen sind Harappa im Punjab und Mohenjo-Daro im Sindh.
Um die Mitte des 2. Jahrtausends v. Chr. drangen die aus Zentralasien kommenden Arier nach Pakistan ein. Sie prägten die vedische Kultur und den Hinduismus. Im 4. vorchristlichen Jahrhundert verbreitete sich der Buddhismus, der sich nach dem Vorstoß Alexanders des Großen bis zum Indus 326 v. Chr. mit der griechischen Kultur zum Graeco-Buddhismus vermischte. Letzterer gelangte im 1. und 2. Jahrhundert v. Chr. im Gandhara-Reich auf dem Boden des heutigen Afghanistans und nordwestlichen Pakistans zur Blüte. In der Spätantike gehörte Pakistan zum Kushana- und Gupta-Reich.
Schon im frühen 8. Jahrhundert kam das heutige pakistanische Staatsgebiet in Berührung mit dem Islam, als die Araber 712 unter Muhammad Ibn Qasim das Industal eroberten. Über Jahrhunderte verlief die Grenze zwischen der islamischen Welt und dem indischen Kulturkreis östlich des Indus. Der Punjab blieb zunächst außerhalb des muslimischen Einflussbereichs. Erst um 1000 dehnte die türkische Ghaznawiden-Dynastie ihr Reich auf ganz Pakistan und Teile Nordindiens aus. Bis zum Beginn des 19. Jahrhundert war Pakistan Teil verschiedener islamischer Reiche, darunter die der persischen Ghuriden (12. und 13. Jahrhundert), der nordindischen Delhi-Sultane (13. und 14. Jahrhundert) und Moguln (16. bis 18. Jahrhundert) sowie der afghanischen Durrani-Dynastie (18. und 19. Jahrhundert).
1843 eroberte die Britische Ostindien-Kompanie den Sindh, sechs Jahre später unterwarf sie auch den von den Sikhs beherrschten Punjab. Damit begann für Pakistan die rund 100-jährige Zugehörigkeit zum britischen Kolonialreich. 1858 gingen die britischen Besitzungen in Indien in direkten Besitz der Krone über.