1948 verstarb mit Ali Jinnah die Vaterfigur des gerade erst gegründeten Staates Pakistan. Unbeständige politische Zustände führten 1958 zum ersten Militärputsch unter General Muhammad Ayub Khan und damit zu einem Wendepunkt in der Geschichte des Landes. Immer wieder bestimmten seitdem Militärdiktaturen die Geschicke Pakistans. Auf das Regime Ayub Khan folgte 1969 die Regierung des Generals Muhammad Yahya Khan.
Zudem sah sich der junge Staat von Anfang an vor eine innere Zerreißprobe gestellt. Die große Entfernung zwischen den beiden Landesteilen West- und Ostpakistan erschwerte nicht nur die staatliche und wirtschaftliche Organisation, sondern auch die Entstehung einer gemeinsamen nationalen Identität. Trotz der Betonung der religiösen Zusammengehörigkeit, die sich in der Verfassung von 1956 äußerte, die Pakistan zur ersten islamischen Republik der Welt machte, blieb die bengalische Sprache und Kultur ein wesentlicher Bestandteil der Identität Ostpakistans. Dazu kam die ungleiche Verteilung der wirtschaftlichen Ressourcen und der politischen Macht. Die Regierung im westpakistanischen Karatschi, ab 1958 in Islamabad – der eigens für den neuen Staat gegründeten Hauptstadt – benachteiligte das entfernte Ostpakistan sowohl bei der Verteilung staatlicher Gelder als auch bei der Vergabe führender Stellen in Verwaltung und Streitkräften. Als die separatistische Awami-Liga, die schon 1954 die Muslimliga als stärkste politische Kraft Ostpakistans abgelöst hatte, in den Wahlen 1970 fast alle ostpakistanischen Wahlkreise und damit die absolute Mehrheit im gesamtpakistanischen Parlament gewann, erklärte Präsident Muhammad Yahya Khan die Wahl für ungültig, verbot die Awami-Liga und nahm deren Führer gefangen. In der Folge kam es zu Ausschreitungen, die im ostpakistanischen Unabhängigkeitskrieg gipfelten. Im Dezember 1971 erklärte sich Ostpakistan als Bangladesch für unabhängig.
Außenpolitisch stand Pakistan stets im Schatten seines größeren und mächtigeren Nachbarn Indien, mit dem es seit 1947 drei Kriege führte, davon zwei um die von beiden Seiten beanspruchte Region Kaschmir. Weder der Erste Indisch-Pakistanische Krieg von 1947 bis 1949 noch der Zweite Indisch-Pakistanische Krieg 1965 änderten etwas am umstrittenen Status Kaschmirs. 1971 griff Indien auf der Seite der ostpakistanischen Unabhängigkeitsbewegung in den Bangladesch-Krieg ein. 1999 kam es erneut zu einer bewaffneten Auseinandersetzung um Kaschmir, die jedoch auf einen kleinen geografischen Raum beschränkt blieb. Offiziell befanden sich Indien und Pakistan nicht im Kriegszustand, dennoch wird der Konflikt angesichts mehrerer hundert Toter innerhalb weniger Wochen sowie des Einsatzes schweren Kriegsgeräts heute als Kargil-Krieg bezeichnet.