Nach dem Tod Zia-ul-Haqs 1988 fanden erstmals seit 1977 wieder freie Wahlen statt, aus denen mit Benazir Bhutto zum ersten Mal in der Geschichte eines islamischen Staates eine Frau als Siegerin hervorging. Auf sie folgte 1990 die Regierung Nawaz Sharif. 1993 gelang ihr die Rückkehr an die Macht, bis sie 1997 abermals von Sharif abgelöst wurde.
Ende Mai 1998 reagierte Pakistan mit sechs unterirdischen Kernwaffentests auf fünf vorangegangene Atomversuche des Nachbarlandes Indien und bestätigte damit endgültig den erfolgreichen Abschluss seines 1972 begonnenen Atomprogramms. Vermutlich ist Pakistan bereits seit Beginn der 1980er Jahre im Besitz von Kernwaffen.