In einer auf die Kargil-Region Kaschmirs begrenzten militärischen Auseinandersetzung mit Indien im Sommer 1999 (siehe Kargil-Krieg) erlitt Pakistan eine Niederlage. Daraufhin setzte General Pervez Musharraf die gewählte Regierung Sharifs in einem Militärputsch ab und errichtete die vierte Militärdiktatur Pakistans. Seit 2001 hat er das Präsidentenamt inne.
Seit den Terroranschlägen vom 11. September 2001 steht Pakistan in verstärktem Maße im Spannungsfeld religiös motivierter Auseinandersetzungen, insbesondere da Musharraf eine enge politische und militärische Allianz mit den USA eingegangen ist. Die nach Meinung vieler prowestlich orientierte Politik des Präsidenten ist in dem muslimisch orientierten Land umstritten. Unabhängig davon beteiligt man sich weiter am Kampf gegen den internationalen Terrorismus.
Seit 2003 ist eine behutsame Annäherung zwischen Indien und Pakistan zu bemerken. So fanden Gefangenenaustausche statt und wurden Verbindungen in der Kaschmirregion geöffnet.