Das pakistanische Rechtswesen beruht zwar noch größtenteils auf britisch-indischem Recht einschließlich des Common Law, umfasst aber seit den 1970er Jahren auch viele Bestandteile des islamischen Rechts auf Grundlage der Scharia. So richtet sich das Familien- und Erbrecht ausschließlich nach islamischem Recht. Unter der Diktatur General Mohammed Zia ul-Haqs (1977 bis 1988) wurde auch das Strafrecht islamisiert.
Oberster Gerichtshof des Landes ist der Supreme Court mit Sitz in Islamabad. Den Vorsitz führt der vom Präsidenten ernannte Chief Justice. Die anderen Richter des Supreme Courts sowie alle Richter der ihm untergeordneten High Courts der vier Provinzen werden nach Absprache mit dem Chief Justice ebenfalls vom Präsidenten ernannt. Der Supreme Court ist das höchste Berufungsgericht Pakistans, verfügt aber auch über Entscheidungsgewalt in Streitfragen zwischen der Zentralregierung und den Provinzen bzw. zwischen den Provinzen untereinander.
Neben der zivilen Gerichtsbarkeit gibt es einen Federal Shariat Court (Scharia-Gerichtshof des Bundes) mit acht Richtern. Drei davon sind islamische Glaubensgelehrte (Ulama). Die Aufgabe des Federal Shariat Court besteht darin, die Vereinbarkeit der Gesetzgebung mit den Geboten des Islam zu prüfen. Widerspricht ein Gesetz der islamischen Rechtsauslegung, so kann das Gericht je nach Zuständigkeit den Präsidenten oder den Gouverneur einer Provinz zur Überarbeitung des entsprechenden Gesetzes zwingen. An niedrigeren Gerichtshöfen gibt es gesonderte Kammern, in denen Ulama nach islamischem Recht urteilen.
Die früher vor allem bei den Paschtunen üblichen Stammesräte (Jirgas) sind zwar verboten, genießen aber in einigen ländlichen Landesteilen noch immer hohes Ansehen und urteilen weitestgehend unabhängig vom geltenden Recht.