Großen Einfluss auf die Politik haben die drei großen, verhältnismäßig selbstständig handelnden Geheimdienste. Die Inter-Services Intelligence (ISI) ist der größte Geheimdienst und oberste Koordinationsstelle für alle nachrichtendienstlichen Aktivitäten. Sie erfüllt eine Vielzahl sowohl innerer als auch äußerer Funktionen wie die Überwachung der Medien, politischer Gruppierungen sowie von Ausländern, insbesondere Diplomaten. Im Kriegsfall übernimmt sie Spionageaktivitäten im feindlichen Ausland. Daneben ist sie auch für die Sicherheit des pakistanischen Atomprogrammes verantwortlich. Der Generaldirektor der ISI muss ein Mitglied der pakistanischen Armee sein. Auf Grund mehrerer Bestechungsaffären, mit denen sie in Verbindung gebracht wird, und der Unterstützung und Ausrüstung militanter Extremisten ist sie äußerst umstritten und wird als „Staat im Staat“ betrachtet. Das zivile Intelligence Bureau (IB) untersteht dem Innenministerium. Seine vornehmliche Aufgabe besteht in der Überwachung von Politikern, politischen Aktivisten und mutmaßlichen Terroristen. Zudem ist es mit der Spionageabwehr betraut. Pakistans dritter großer Geheimdienst ist die der pakistanischen Armee unterstellte Military Intelligence (MI). Ihre Hauptaufgaben sind die Spionageabwehr und die Überwachung potenzieller Staatsfeinde.