Obwohl die pakistanische Verfassung Grundrechte wie die Unantastbarkeit der Menschenwürde, Gleichheit vor dem Gesetz, Freizügigkeit, Gefangenenrechte, Versammlungs-, Vereinigungs-, Meinungs- und Religionsfreiheit garantiert[13], werden Menschenrechte sowohl vom Staatsapparat als auch von einzelnen Elementen der Gesellschaft immer wieder missachtet. Im Zuge ihrer Extremismus- und Terrorbekämpfungspolitik erlässt die Regierung willkürliche Verhaftungen und führt undurchsichtige Prozesse gegen Verdächtige[14]. Menschenrechtsorganisationen wie Amnesty International und Human Rights Watch berichten wiederholt von staatlichen Willkürakten wie Folter und Misshandlungen gegen Vertreter von Organisationen zur Stärkung der Rechte ethnischer Minderheiten, regierungskritische Menschenrechtsaktivisten und Personen, denen blasphemische Äußerungen oder Handlungen zur Last gelegt werden[15][16]. In den Landesteilen, über die der Staat nur eingeschränkt Kontrolle hat, urteilen Stammesgerichte oder -führer unabhängig von den politischen Institutionen und der Verfassung des Landes. Darüber hinaus findet Selbstjustiz statt, etwa in Form von Ehrenmorden an Frauen. Frauen und Mädchen sind häufig Opfer von häuslicher Gewalt, ohne dass der Staat Maßnahmen zur Bestrafung der Täter einleitet. Das pakistanische Recht sieht vor, dass der Täter einer strafrechtlichen Verfolgung entgeht, sofern ihm die Angehörigen des Opfers vergeben[17].
Pakistan hat einige bedeutende internationale Menschenrechtsverträge nicht unterzeichnet. Dazu gehören der UN-Zivilpakt, die UN-Anti-Folter-Konvention und das Zusatzprotokoll zur UN-Frauenrechtskonvention. Außerdem gibt es in Pakistan einen hohen Prozentsatz an Kinderarbeit; etwa 19 bis 30 Millionen Kinder arbeiten in verschiedenen Branchen für einen Hungerlohn.