Der Güterumschlag im Überseeschiffsverkehr findet fast ausschließlich in Karatschi statt. Karatschi ist damit Dreh- und Angelpunkt des pakistanischen Außenhandels. Zur Entlastung des Karachi Port, des einzigen Naturhafens des Landes, wurde in den 1970er Jahren ein zweiter Hafen, der Port Muhammad Bin Qasim, etwas außerhalb von Karatschi angelegt. Zudem begann im März 2002 die Volksrepublik China mit dem Bau eines gewaltigen Öl- und Containerhafens in Gwadar. Die Binnenschifffahrt ist auf Grund der stark schwankenden Wasserführung der Flüsse von nachrangiger Bedeutung.