Östlich der Anden beginnt die Regenwaldregion („Selva“). Der Übergang ist dabei fließend, da es einen tropischen Bergwald gibt, in dem ein milderes Klima herrscht.
In der durch Tageszeitenklima bestimmten Region beträgt die Jahresmitteltemperatur ca. 26 °C und der Jahresniederschlag erreicht bis zu 3.800 mm. Dort entspringen auch weitere Quellflüsse des Amazonas, der durch das Amazonasbecken in Richtung Brasilien fließt.
Der peruanische Regenwald ist dicht und fast undurchdringlich. Die Flüsse, die von den Ketten der Anden in weiten Flussschlingen zum Amazonas strömen, sind die einzigen Verkehrsadern durch die weiten Waldgebiete.
Die einzigen größeren und auch für den Tourismus wichtigen Städte in dieser Region sind Iquitos und Puerto Maldonado. Iquitos ist von Lima aus nicht auf dem Landweg erreichbar, sondern nur mit dem Flugzeug oder dem Boot. Puerto Maldonado kann per Boot, Flugzeug (1 ½ h bis Lima; ½ h von Cuzco) und per LKW (24–60 h) von Cuzco erreicht werden. Weitere größere Städte in dieser Region sind (eine Auswahl, von Norden nach Süden) Tarapoto, Tingo María und Pucallpa. Bedeutend ist das größte Naturschutzgebiet Perus Pacaya-Samiria.