Am 8. April 2001 wurden Präsidentschafts- und Kongresswahlen abgehalten. Alejandro Toledo, hartnäckiger Widersacher Alberto Fujimoris, gelang es, 36,51 % der Stimmen auf sich zu vereinigen, gefolgt überraschenderweise vom Ex-Präsidenten Alan García (25,78 %) und der Kandidatin der rechtsstehenden Christlichen Volkspartei PPC, Lourdes Flores Nano (24,30 %). Aus diesem Grunde wurde am 3. Juni 2001 eine Stichwahl zwischen Toledo und García abgehalten. In einem dramatischen Ausgang besiegte der aus armen Verhältnissen stammende Toledo seinen Kontrahenten García mit 6 Prozentpunkten Unterschied. Die Partei Toledos, Perú Posible, hat sich als eine politische Alternative etabliert. Im Kongress hat Perú Posible 45, die APRA 26, Unidad Nacional 17 und FIM 11 der 120 zur Verfügung stehenden Sitze erhalten. Der Wahlsieger hat die Unterstützung des FIM (11), der Volksaktion AP (3), SOMOS PERU (4), UPP (6) und Renacimiento Andino (1) erhalten, womit die Regierungspartei eine Mehrheit von 70 Sitzen im Kongress besitzt. Toledo musste auf die wachsende Kritik seiner Regierung mehrmals mit einer Kabinettumbildung reagieren (zuletzt im August 2005, nach dem Rücktritt des Ministerpräsidenten Ferrero). Hervorzuheben sind die Benennungen von Kuczynski als Finanzminister (im 1. Regierungskabinett Toledos bereits Finanzminister) und von Carlos Ferrero als Premier, das Ausscheiden von Jaime Quijandra und Silva Ruete sowie die Ernennung von Fernando Olivera zum Außenminister, was den Rücktritt Ferreros auslöste.
Bei den Kommunal- und Regionalwahlen von November 2002 gelang es der APRA, die erste politische Kraft im Lande zu werden. In 12 der 25 Regionen und in 10 Großstädten des Landes stellt nun die APRA die politischen Spitze.