1868 gab es in Spanien eine Revolution, so dass der liberale Gouverneur Carlos Maria dela Torre auf die Philippinen geschickt wurde, der liberale Reformen durchführte und unter anderem die Pressezensur abschaffte. 1871 war diese Phase jedoch vorbei. Insbesondere die spanischen Mönchsorden auf den Philippinen entfalteten wieder ihre Macht.
Im letzten Viertel des 19. Jahrhunderts wurden die Rufe nach Reformen durch die ilustrados immer deutlicher. Die Bezeichnung Filipino, die früher nur für spanische Kreolen benutzt wurde, wurde auf alle Einwohner des Landes ausgeweitet. Die Propagandabewegung, die aus Europa von philippinischen Studenten und Exilanten betrieben wurde, sowie die kurzlebige Liga Filipina, die kurz nach ihrer Gründung durch Jose Rizal in Manila sofort von den dortigen Behörden verboten wurde, hatten zunächst nicht die Unabhängigkeit der Philippinen als ihr Ziel, sondern Gleichberechtigung der Filipinos und philippinische Sitze im Cortes. Doch für einige ging dies nicht weit genug.
Von 1896 bis 1898 fand unter der Führung des Katipunan die philippinische Revolution statt. In der Endphase dieser Revolution fand der Spanisch-Amerikanische Krieg statt, bei dem die spanische Flotte durch amerikanische Schiffe in der Bucht von Manila vernichtet wurde. Ein Großteil des Landes war jedoch zu dem Zeitpunkt bereits unter philippinischer Kontrolle, worauf am 12. Juni 1898 die philippinische Unabhängigkeitserklärung erfolgte.