Nach der Unabhängigkeit galt zunächst einmal die Verfassung von 1935 weiter, in der die Philippinen eine Präsidialrepublik nach amerikanischem Muster waren. Der Einfluss der USA blieb weiterhin sehr groß, unter anderem ließen sich die USA am 14. März 1947 für die Dauer von 99 Jahren die Hoheitsrechte über 23 Militärstützpunkte garantieren. Die Philippinen entsandten wiederum 1951 fünf Bataillone in den Koreakrieg, um den USA zu helfen.
Gegen Aufstände durch die kommunistischen Hukbalahap, einer ehemaligen Widerstandsbewegung gegen die japanischen Besatzung, gab es von den USA Ausrüstung und amerikanische Militärberater, unter anderem der CIA-Agent Edward Lansdale, der später in Vietnam eine wichtige Rolle spielen sollte. Um den Aufstand zu entschärfen, wurde in der 1950er Jahren die Umsiedlung armer Bauern in den Süden der Philippinen verstärkt gefördert.
Im Jahre 1963 kam es zu einem Konflikt mit Malaysia, da die Philippinen Sabah als früheren Bestandteil des Sultanats von Sulu beanspruchten. Diese Problematik ist bis heute offen.
Aufgrund von Konflikten zwischen christlichen Siedlern und muslimischen Einheimischen kam es in den 1960er Jahren immer mehr zu Konflikten im Süden der Philippinen. 1968 wurden einige muslimischen Armee-Rekruten erschossen, die sich weigerten, an einer Geheimoperation zur Rückeroberung Sabahs teilzunehmen. Als Reaktion auf dieses Massaker bildeten sich die ersten separatistischen Bewegungen auf den Südphilippinen.
Im Jahre 1965 wurde der populäre junge Politiker Ferdinand E. Marcos zum Präsidenten gewählt. 1971 wurde Marcos als erster Präsident der Philippinen wiedergewählt, wobei die Wahl als solche sehr umstritten war. Im selben Jahr ließ Marcos eine verfassunggebende Versammlung einberufen, um die veraltete Verfassung von 1935 zu ersetzen. Gegner von Marcos verdächtigten ihn deshalb des Versuches, die Beschränkung auf zwei Wahlperioden umgehen zu wollen. Ab 1970 hatte es Marcos außerdem sowohl mit einer linken Studentenbewegung zu tun, die unter anderem seinen pro-amerikanischen Kurs geißelte als auch mit einer neuen maoistischen kommunistischen Guerilla, der New People's Army oder NPA.