Im Jahre 1972 gab es eine Serie von Bombenanschlägen, von denen man allerdings heute vermutet, dass sie von Militärs durchgeführt wurden, um Marcos einen Vorwand für das Kriegsrecht zu liefern. Am 21. September 1972 erklärte Marcos das Kriegsrecht, ließ Oppositionszeitungen und -sender schließen und veranlasste die Inhaftierung zahlreicher Oppositioneller. 1973 ließ er eine neue parlamentarische Verfassung ratifizieren. Das Kriegsrecht wurde zwar 1980 aufgehoben und es kam sogar 1981 zu einer Parlamentswahl, bei der aber massive Wahlfälschung vermutet wurde.
Während der Marcos-Diktatur kam es zu massiven Repressalien gegen Oppositionelle. Manche wurden jahrelang in Untersuchungshaft gehalten, unter anderem der prominente Marcos-Rivale Benigno Aquino. Im Zuge der Bekämpfung der NPA kam es in manchen Provinzen zu Repressalien gegen die Landbevölkerung. Etliche Oppositionelle oder vermutete Kommunisten verschwanden entweder spurlos oder wurden schwer verstümmelt aufgefunden, eine Praxis, die vom Militär "salvaging" genannt wurde. Unterdessen bereicherten sich Marcos, seine Frau Imelda und seine Freunde, während die Auslandsschulden der Philippinen immer weiter stiegen. Es wurde viel Geld für Prestigeprojekte ausgegeben, unter anderem für eine Herzklinik und einen Filmpalast.
Nach dem Mord an Benigno Aquino, der im Jahre 1983 nach Exil in den USA auf die Philippinen zurückkehrte und am Flughafen von Manila erschossen wurde, kam es zum Volkswiderstand gegen Marcos. Dieser versuchte Anfang 1986 durch vorgezogene Neuwahlen das Blatt zu wenden, doch seine Rivalin Corazon Aquino war sehr populär und seine Versuche, die Wahl zu fälschen, fielen aufgrund der vielen internationalen Beobachter auf. Führende Militärs wechselten im Februar 1986 die Seite und wurden durch Massendemonstrationen unterstützt, die weltweit in den Medien zu sehen waren. Militäreinheiten, die den Aufstand brechen sollten, wechselten auch die Seiten, so dass Marcos in einem US-Militärhelikopter das Land verließ und nach Hawaii ins Exil gebracht wurde. Frau Aquino wurde am gleichen Abend als neue Präsidentin vereidigt.