Am 11. Februar 1987 trat eine neue Verfassung in Kraft und seit 1987 sind die Philippinen wieder eine Präsidialrepublik. Der Präsident hat weitreichende exekutive Befugnisse. Er beruft das Kabinett ein. Das Parlament besteht aus Repräsentantenhaus und Senat. Es besteht Wahlpflicht.
Derzeitiges Staatsoberhaupt ist Dr. Gloria Macapagal Arroyo (* 1947), seit 20. Januar 2001 (zuvor Vizepräsidentin); sie wurde am 30. Juni 2004 trotz verschiedener Vorwürfe massiver Wahlfälschungen, die in der Folgezeit noch bestätigt wurden (Tonbandmitschnitt der Fälschungsvereinbarungen, im weiteren Verlauf auch präzise Aussagen von reuigen Mitgliedern der Wahlkommission) erneut vereidigt. Macapagal Arroyo ist Nachfolgerin von Joseph E. Estrada, der nach Verlust seiner Machtbasis als Folge von Korruptionsvorwürfen bzw. des Drucks von Demonstrationen seinen Amtssitz vorzeitig verlassen hatte. Estrada wird der "wirtschaftlichen Ausplünderung" des Landes beschuldigt und befindet sich bis heute in Hausarrest. Die erst 2006 durchgeführten Vernehmungen entlasteten ihn jedoch weitgehend und wiesen vielmehr auf einen engen Vertrauten Arroyos, Chavit Singson, Gouverneur von Ilocos Sur, der für seine Geschäfte im Bereich des illegalen Glücksspiels schon bekannt war.
Zur Zeit ist eine sinnvolle Politik deshalb kaum möglich. Die Regierung muss sich ständig gegen neue Beweise ihrer Illegitimität wehren. Gleichzeitig ist sie mit der Abwehr vermeintlicher oder tatsächlicher Putschversuche beschäftigt. Um z. B. eine öffentliche Ansprache an das Volk in Manila (SONA) zu halten, benötigte die Präsidentin 2006 etwa 13.000 Polizisten/Soldaten.
Die philippinische Politik ist sehr personenbezogen, so dass Parteien keine so große Rolle spielen. Viele philippinische Politiker gehören einer politischen Dynastie an: so ist zum Beispiel Frau Macapagal-Arroyo die Tochter des ehemaligen Präsidenten Diosdado Macapagal, oder der Sohn von Ferdinand Marcos, Ferdinand Marcos Jr., auch Bong-Bong genannt, Gouverneur der Heimatprovinz seines Vaters, Ilocos Norte und der Sohn des ehemaligen Präsidenten Ramon Magsaysay, Ramon Magsaysay Jr., ist Senator. Popularität und regionale Zugehörigkeitsgefühle zählen oft viel mehr als Sachthemen. In den letzten Jahren sind viele Schauspieler, ehemalige Basketballstars und ähnliche Medienpersönlichkeiten in die Politik gegangen.
Die Philippinen sind Mitglied im Sicherheitsrat der UN, ASEAN, APEC und der Unión Latina.
2006 wurden die Philippinen für ein Jahr in den UN-Menschenrechtsrat (engl. Council on Human Rights) aufgenommen. Eine Wiederwahl ist möglich, allerdings auch eine Abwahl wegen massiver Menschenrechtsverletzungen im eigenen Land. Der im Dezember 2006 in Cebu geplante ASEAN-Gipfel wurde kurzfristig angeblich wegen des Wetters abgesagt. Von der Opposition wurde jedoch auch die Angst vor Massenprotesten gegen Versuche, die Verfassung ohne entsprechende Verfahren zu ändern, angeführt.
Anfang 2007 informierte sich der UN-Beauftragte Philip Alston über die umstrittene Menschenrechtslage. Nach anfänglichem Widerstand erhielt er den unveröffentlichten vorläufigen Bericht der sog. "Melo-Kommission". Hier wird zum ersten Mal auch von offizieller Seite die Verwicklung des Militärs, besonders des Generals Palparan, in die politischen Morde gegen Linke belegt.