Bei den Wahlen 2001 bekam die Kommunistische Partei (PCM – Partidul Comunist Moldovenesc) unter Vladimir Voronin 50,1 % der Stimmen, aber aufgrund der Sperrklauseln gegen Kleinparteien (die Hürde beträgt 6 %) 61 von 101 Mandaten. Sie konnte somit an die Macht zurückkehren, Voronin wurde vom Parlament zum Präsidenten gewählt. Diesen Erfolg hatten die Kommunisten vor allem den verarmten Bevölkerungsschichten zu verdanken.
Bei den Wahlen am 6. März 2005 verlor die PCM zwar leicht, konnte aber bei 46,1 % mit 56 Sitzen ihre absolute Mehrheit im Parlament behaupten. Zweitstärkste Partei wurde der neu gegründete Wahlblock Demokratisches Moldawien unter Führung des Bürgermeisters der Hauptstadt Chişinău, Serafim Urecheanu, mit 28,4 % der Stimmen und 34 Sitzen. Eine weitere Oppositionspartei, die Christlich-Demokratische Volkspartei unter Iurie Rosca, kam auf 9,1 % der Stimmen und 11 Sitze.
In Moldawien wird der Präsident vom Parlament gewählt und benötigt eine Mehrheit von 61 Stimmen. Am 4. April 2005 standen Präsidentschaftswahlen an. Der amtierende Präsident Vladimir Voronin konnte dabei 75 Stimmen auf sich vereinigen und eine zweite Amtszeit antreten. Trotz gegenteiliger Ankündigungen hat die christlich-demokratische Oppositionspartei PPCD nach verschiedenen Verrenkungen den Kommunisten Voronin zum Präsidenten mitgewählt und ihm so zur nötigen Mehrheit verholfen.
Eine zusätzliche Herausforderung für die Politik ist der Konflikt mit Transnistrien, das sich 1991/92 unter dem russischen Clan Igor Smirnows für unabhängig erklärt hat und ein Drittel der Industrie besitzt. Jahrelange Verhandlungen über die Bildung eines Bundesstaates scheiterten im November 2003. Grund dafür war eine politische Entscheidung in Regierungskreisen der Republik Moldau, die das Abkommen als zu vorteilhaft für Transnistrien ansah. Seit dem Umschwung in der Ukraine unter Wiktor Juschtschenko bemüht sich auch Kiew um eine Vermittlerrolle.
Seit 1994 ist Gagausien als autonome Republik anerkannt.