Nach Titos Tod 1980 wandten sich Politiker aller Teilrepubliken, insbesondere Serbiens und Kroatiens, mehr und mehr nationalistischer Agenden zu. In Serbien agitierte die sozialistische Partei um Slobodan Milošević gegen die Autonomie des Kosovos. Politiker aus Slowenien und Kroatien, allen voran Franjo Tuđman und Milan Kučan, drängten ihrerseits auf die Souveränität ihrer Teilrepubliken.
Ab 1991 begann Jugoslawien zu zerfallen, alle Teilrepubliken erklärten nach und nach die Unabhängigkeit. Mit der Loslösung Sloweniens, Kroatiens und Bosnien und Herzegowinas brachen die Jugoslawienkriege aus. Erst intervenierte die Jugoslawische Volksarmee, die von Belgrad aus gesteuert wurde. Sie musste jedoch nach der internationalen Anerkennung Kroatiens und Bosniens diese nicht mehr jugoslawischen Territorien verlassen. Serbien unterstütze militärisch und finanziell die serbische Paramilitärs in den Kriegsgebieten Kroatiens und Bosniens, unterbrach diese Unterstützung jedoch, nachdem die UNO Sanktionen gegen die Bundesrepublik Jugoslawien einführte. Die Sanktionen wurden aufgrund von bekanntgewordenen ethnischen Säuberungen gegenüber Kroaten auf dem Krajina Gebiet verhängt. Mit Unterstützung Serbiens gelang es den kroatischen und bosnischen Serben große Gebietsgewinne zu erringen. Die meisten dieser Gebiete gingen jedoch bis 1995 wieder verloren. Im Zuge der Militäroperation Oluja wurden etwa 200.000 Serben, darunter auch die geschlagene paramilitärische Armee der Republik Serbische Krajina, aus Kroatien vertrieben. Viele Flüchtlinge kamen nach Serbien oder zogen in Drittländer und sind bis heute dort geblieben.