Nach der Beendigung der Kämpfe in Kroatien und Bosnien-Herzegowina 1995 konzentrierte sich die politische und militärische Führung um Slobodan Milošević auf die Unruhen im Kosovo. Die albanische Volksgruppe, die im Kosovo die Mehrheit der Bevölkerung stellt und die Unabhängigkeit von Serbien bzw. den Anschluss an Albanien fordert, fühlte sich unterdrückt. Der Jahresbericht 1996 von amnesty international berichtet von zahlreichen politisch und ethnisch motivierten Verhaftungen, Misshandlungen und Foltervorfällen bei Wohnungsdurchsuchungen. Außerdem kam es zu ungeklärten Todesfällen Kosovo-albanischer Häftlinge in serbischen Gefängnissen.
Im Jahr 1996 begann die UÇK mit Terroraktionen und Angriffen auf das serbische Militär und die Zivilbevölkerung. Nach den serbischen Präsidentschaftswahlen 1997, die von den Kosovo-Albanern fast geschlossen boykottiert wurden, eskalierte die Situation, und im Verlauf des Jahres 1998 kam es zu mehreren serbischen Großoffensiven im Kosovo, die mit schweren Menschenrechtsverletzungen beider Bürgerkriegsparteien einhergingen.
Nach der Erteilung des NATO-Einsatzbefehls durch Javier Solana am 24. März 1999 begannen die Luftstreitkräfte der NATO-Mitgliedsstaaten mit der Bombardierung von zivilen und militärischen Zielen in ganz Serbien. Die Situation der Kosovo-Albaner verschärfte sich indes, weil die serbischen Streitkräfte sich nicht wie erwartet sofort aus dem Gebiet zurückzogen. Nach langen Verhandlungen begann die serbische Armee am 10. Juni 1999 mit dem Rückzug. In Folge verließ ein Großteil der Serben aus Angst vor Racheaktionen der Kosovo-Albaner das Gebiet, viele wurden vertrieben.