Ruanda grenzt im Norden an Uganda, im Osten an Tansania, im Süden an das in vielem ähnliche Burundi und im Westen an die Demokratische Republik Kongo. Hier verläuft auf 3-4000 m Höhe die Afrikanische Hauptwasserscheide zwischen den Quellgebieten des Weißen Nil und des Kongo (Zaire). Den größten Teil von Ruandas Westgrenze bildet der Kivusee, der zum System der ostafrikanischen Grabenbrüche gehört und daher sehr tief ist. Im Grenzgebiet zu Kongo und Uganda liegen die bis 4.500 m hohen Virunga-Vulkane, auf denen in mittlerer Höhe die seltenen Berggorillas leben. Im Osten bilden die ausdehnten Akagera-Sümpfe und eine lange Reihe von Seen eine natürliche Grenze zum heutigen Tansania.
Ruanda wird von zwei Nilzuflüssen geprägt, dem vom Burundi-Grenzgebiet kommenden Akanyaru und dem im südwestlichen Bergland (Naturpark Nyungwe-Wald) entspringenden Nyabarongo. Letzterer entspringt als Rukarara auf 2700 m Seehöhe nahe der Wasserscheide zum Kongo und fließt wie sein Nebenfluss Mwogo (siehe Kärtchen) zunächst von Süd nach Nord, um sich dann unweit der Virunga-Vulkane nach Südosten zur Hauptstadt Kigali zu wenden. Diese abrupte Laufänderung erklärt die Geologie durch tektonische Verschiebungen der Erdkruste bei der Entstehung des Ostafrikanischen Grabens und der Virunga-Vulkane.
Der bei Kigali bereits schiffbare Nyabarongo und der Akanyaru vereinigen sich südlich der Stadt auf etwa 1500 m Höhe zum Akagera (Kagera), der das Land nach Osten durchquert und nach Passage des Rwerusees etwa 250 km lang die Landesgrenze zu Tansania bildet. Der hier nordwärts gerichtete Fluss knickt am Dreiländereck zu Tansania und Uganda abermals scharf nach Osten ab, um später in den riesigen Viktoria-See zu fließen.