Ein ungelöstes Problem für Putin bleibt der Konflikt mit der Unabhängigkeitsbewegung unter islamistischen Vorzeichen in der zur Russischen Föderation gehörenden Teilrepublik Tschetschenien. Das Auswärtige Amt der Bundesrepublik Deutschland berichtete dazu im Februar 2005 in seinen Länder-Informationen zu Russland: „Es wird weiterhin über Menschenrechtsverletzungen durch die russischen und lokalen Sicherheitskräfte, aber auch von Verbrechen und Vergehen der tschetschenischen Rebellen berichtet. Es kam nicht nur innerhalb Tschetscheniens, sondern auch in anderen Gebieten der Russischen Föderation zu Selbstmordanschlägen, bewaffneten Zusammenstößen zwischen Rebellen und Sicherheitskräften und Terrorakten.“ Tragischer Höhepunkt war die Geiselnahme von Beslan, bei der Anfang September 2004 in einer Schule 330 Menschen getötet wurden.
Der tschetschenische Präsident Achmad Kadyrow wurde am 9. Mai 2004 getötet. Sein Nachfolger wurde der vormalige Innenminister Alu Alchanow, der bei den Präsidentschaftswahlen vom 29. August 2004 nach offiziellen Angaben 74 % der Stimmen erhielt. Die EU und andere internationale Organisationen äußerten allerdings große Sorge hinsichtlich der Bedingungen, unter denen die Wahlen stattfanden. Kritisiert wurde insbesondere der Mangel an echtem Pluralismus bei den Kandidaturen für das Präsidentenamt und das Fehlen unabhängiger Medien.