Das Schweizerische Landesmuseum hat seinen Hauptsitz in Zürich und beherbergt die grösste kulturgeschichtliche Sammlung der Schweiz. Sie umfasst sämtliche Epochen von der Urgeschichte bis zum 21. Jahrhundert. Das zweitgrösste historische Museum der Schweiz ist das Historische Museum Bern mit 250'000 Objekten verschiedenster Herkunft. Erwähnenswert sind insbesondere die Burgunderteppiche, die während der Burgunderkriege dem burgundischen Herzog Karl dem Kühnen abgenommen wurden.
Das Kunstmuseum Basel ist das älteste öffentliche Museum in Europa. Seinen Ursprung hat es im Kabinett der Familie Amerbach im 16. Jahrhundert. Dieses umfasste eine Sammlung weltberühmter Gemälde, sowie den Nachlass von Erasmus von Rotterdam. Das Kunsthaus Zürich besitzt die bedeutendste Sammlung von Werken Alberto Giacomettis, dazu die grösste Munch-Sammlung ausserhalb Norwegens. Das Kunstmuseum Bern ist das älteste Kunstmuseum der Schweiz mit einer permanenten Sammlung und beherbergt Werke aus acht Jahrhunderten.
Ein weiteres Museum von Bedeutung ist das Anatomische Museum Basel. Dieses zeigt Originalpräparate und Wachsmodelle von menschlichen Körperbereichen und Organen. Darunter befindet sich das älteste anatomische Präparat der Welt, ein 1543 präpariertes Skelett.
Das meistbesuchte Museum der Schweiz ist aber das Verkehrshaus in Luzern. Es besitzt eine sehr grosse Sammlung an Lokomotiven, Autos, Schiffen und Flugzeugen.
Das Technorama in Winterthur ist das Science Center der Schweiz. Es enthält zahlreiche Experimente, welche technische und naturwissenschaftliche Zusammenhänge nahe bringen, und ist deshalb vor allem bei Schulklassen beliebt.
In der Westschweiz befinden sich einige Museen, welche internationale Organisationen thematisieren. Das Internationale Rotkreuz- und Rothalbmondmuseum in Genf dokumentiert die Geschichte der Internationalen Rotkreuz- und Rothalbmond-Bewegung und das Olympische Museum in Lausanne dokumentiert die neuzeitliche olympische Bewegung seit 1896.