Streitigkeiten zwischen den liberal-progressiven und den konservativ-katholischen Kantonen führten 1847 zum Sonderbundskrieg. Nach der Niederlage der konservativ-katholischen Kantone wurde die Schweiz in den modernen Bundesstaat umgewandelt und die Autonomie der Kantone durch die Bundesverfassung von 1848 eingeschränkt. Bern wurde zum Sitz der Bundesbehörden und des Parlaments. Die Bundesverfassung wurde seither zweimal 1874 und 1999 total revidiert.
Während der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts wurde die Schweiz von einer starken Welle der Industrialisierung und des Eisenbahnbaus erfasst. Gleichzeitig fand auf religiösem und kulturellem Gebiet die Konfrontation zwischen dem Liberalismus und dem Konservativismus seine Fortsetzung im Kulturkampf. Die Integration der Katholiken in den neuen Bundesstaat erfolgte 1891 durch die Wahl des ersten Katholiken in den Bundesrat. Seither traten die bürgerlichen Parteien mehr oder weniger geschlossen gegen die Arbeiterbewegung an. Seit dem Ersten Weltkrieg im «Bürgerblock». Im Landesstreik von 1918 kam es zur bisher schärfsten Konfrontation zwischen Arbeiterschaft und Bürgertum in der Schweiz. Die Arbeiterbewegung konnte sich politisch auf nationaler Ebene erst nach der Einführung des Proporzwahlverfahrens 1919 etablieren.
Auf Initiative von Henri Dunant erfolgt 1864 in Genf die Gründung des Internationalen Komitees vom Roten Kreuz. Während der beiden Weltkriege bewahrte die Schweiz offiziell die bewaffnete Neutralität. Während im Ersten Weltkrieg mit der «Grenzbesetzung» die Verteidigung der Landesgrenzen gegen feindliche Übergriffe im Zentrum stand, zog sich im Zweiten Weltkrieg die Schweizer Armee mit dem Aktivdienst ins Réduit zurück, um einem deutschen Angriff möglichst harten Widerstand in Gebirgsstellungen entgegenzuhalten. Der schweizerischen Bevölkerung wurde durch die behördlich geförderte Bewegung der «Geistigen Landesverteidigung» ein starker Behauptungswillen gegen den Nationalsozialismus und später gegend die kommunistische Bedrohung vermittelt. Die Armee konnte in der Schweiz bis in die 1990er Jahre eine starke gesellschaftliche Stellung behaupten, da durch ihren Aufbau als Milizarmee eine starke Verflechtung von zivilen und militärischen Führungskadern gegeben war. Bereits in den 1970er Jahren und verstärkt anlässlich der Armee-Abschaffungs-Initiative kam es aber auch zu Spannungen zwischen Traditionalisten und Kritikern um die Rolle der Armee in der Gesellschaft. Seit dem Ende des Kalten Krieges nahm der Einfluss der Schweizer Armee auf die Zivilgesellschaft stark ab.
Die Schweiz nahm im Zweiten Weltkrieg einerseits Flüchtlinge auf, wies aber zeitweise gezielt Juden und andere nicht als «politisch Verfolgte» eingestufte Flüchtende zurück, obschon die These vom «vollen Boot» schon damals politisch stark umstritten war. Die Rolle der Schweiz im Zweiten Weltkrieg wurde in den 1990er-Jahren im Bergier-Bericht kritisch aufgearbeitet. In der Nachkriegszeit wurden weitere problematische Themen der Vergangenheit aufgegriffen wie die Verfolgung der Jenischen durch das Programm «Kinder der Landstrasse», der Verdingkinder-Problematik, der wirtschaftlichen Beziehungen mit dem Apartheid-Staat Südafrika oder der Rolle der schweizerischen Banken im Zusammenhang mit Fluchtgeldern von Diktatoren der Dritten Welt.
Die Volksrechte wurden seit 1848 immer stärker ausgebaut. 1919 wurde das Proporzwahlverfahren für den Nationalrat eingeführt. 1971 wurde in einer Volksabstimmung das Frauenstimmrecht nach jahrzehntelangem Kampf angenommen. Der von der Regierung angestrebte Beitritt zum EWR scheiterte 1992. Die Schweiz trat nach einer positiv ausgegangenen Volksabstimmung am 10. September 2002 den Vereinten Nationen (UNO) bei.