Die Bevölkerung Somalias gehört zu fast 100 % dem sunnitischen Zweig des Islam an. Davon sind etwa 80 % Schafiiten und 20 % Hanafiten. Die einzigen Nicht-Muslime in Somalia sind einige hundert Christen, die fast sämtlich ausländischer Herkunft sind. Die meisten christlichen Somalier gehören der Äthiopisch-Orthodoxen Tewahedo-Kirche an. Einzelne Missionierungsversuche und der Bau einer Kathedrale in Mogadischu in der Kolonialzeit blieben weitgehend ohne Wirkung.
Die in der Union islamischer Gerichte zusammengeschlossenen Gerichtshöfe setzen lokal in unterschiedlich strenger Ausprägung die Scharia durch. Teile der Union stehen in Verdacht, Kontakte zum internationalen islamistischen Terrorismus zu pflegen und ausländische Terroristen ins Land zu holen.