Ende des 19. Jahrhunderts erfuhr das von Somali bewohnte Gebiet die Aufteilung, die bis heute nachwirkt. Der Norden des heutigen Somalia wurde von Großbritannien als Britisch-Somaliland, der Süden und Osten als Italienisch-Somaliland von Italien kolonialisiert. Am 1. Juli 1960 wurden die beiden Kolonien gemeinsam als Somalia unabhängig. Erster Präsident des Landes wurde Aden Abdullah Osman Daar, ihm folgte 1967 Abdirashid Ali Shermarke.
Das Verhältnis zu den Nachbarstaaten war wegen der von Somalia gestellten Gebietsansprüche (siehe Groß-Somalia), insbesondere auf die heute äthiopische Region Ogaden, gespannt. 1964 kam es zu einem kurzen äthiopisch-somalischen Grenzkrieg. Auch innenpolitische Spannungen zwischen dem Norden und dem Süden und Osten, zwischen Clans und Parteien bestanden weiter. 1969 wurde Präsident Shermarke von einem Leibwächter getötet, woraufhin prosowjetische Militärs unter Siad Barre die Macht übernahmen.
Barre lehnte sich zunächst an die Sowjetunion an, versuchte einen „wissenschaftlichen Sozialismus“ einzuführen und den traditionellen Einfluss der Clans einzuschränken. 1977/78 führte er einen erneuten Krieg um Ogaden, den Somalia verlor. Weil die Sowjetunion in diesem Krieg das gegnerische, kommunistische Derg-Regime Äthiopiens unterstützt hatte, wandte sich Siad Barre wirtschaftlich und politisch von der Sowjetunion ab und den USA zu. Im Inneren regierte Barre zusehends diktatorisch, verschiedene Clans waren Repressionen ausgesetzt. Daraufhin begannen mehrere Rebellengruppen einen bewaffneten Kampf gegen die Barre-Regierung, was 1991 zu deren Sturz führte.
Keine der Rebellenorganisationen vermochte sich jedoch durchzusetzen und eine Folgeregierung zu etablieren; der am Sturz Barres führend beteiligte United Somali Congress zerbrach infolge des Machtkampfes ihrer Führer Mohamed Farah Aidid und Ali Mahdi Mohammed. Somalia zerfiel in umkämpfte Machtbereiche von Clans und Kriegsherren. Der Norden des Landes erklärte sich als Somaliland einseitig für unabhängig, ohne hierfür internationale Anerkennung zu finden.
Für die Bevölkerung hatte dies eine Verschlechterung der Versorgungs- und Sicherheitslage bis hin zu einer Hungersnot im Süden Somalias zur Folge. Ab 1992 sollte deshalb die UN-Mission UNOSOM unter US-amerikanischer Führung die Lieferung von Nahrungsmittelhilfe sichern und den Frieden wiederherstellen. Nach den Ereignissen der „Schlacht von Mogadischu“ im Oktober 1993 zogen die USA ab, 1995 musste sich auch die UNOSOM II ohne Erfolg zurückziehen. Die Kampfhandlungen gingen weiter. Südwestsomalia und Puntland erklärten zwischenzeitlich ihre Unabhängigkeit. Einzig im de facto autonomen Somaliland blieb es relativ friedlich.
2000 wurde nach Friedensverhandlungen eine Übergangsregierung für Somalia gebildet, die seit 2004 unter Abdullahi Yusuf Ahmed in Baidoa ihren Sitz hatte. In Mogadischu konnte sie sich aus Sicherheitsgründen nicht niederlassen. Mitte 2006 eroberte die Union islamischer Gerichte Mogadischu und weite Landesteile von den bis dahin dort herrschenden Kriegsherren, setzte ein gewisses Maß an – unterschiedlich streng gehandhabter – Ordnung nach der Scharia durch und kämpfte an den Grenzen der beiden Machtbereiche gegen die Übergangsregierung.
Die Union rief auch zum Dschihad gegen das benachbarte Äthiopien zur Eroberung Ogadens auf. Daraufhin erklärte Äthiopien der Union am 24. Dezember 2006 offiziell den Krieg, marschierte in Somalia ein und konnte am 27. Dezember die Union aus Mogadischu verdrängen. Am darauffolgenden Tag übernahm die Übergangsregierung die Kontrolle über Teile der Stadt und versucht sich seither dort zu etablieren[4].
1200–1700 von 8000 vorgesehenen Soldaten der afrikanischen Friedenstruppe AMISOM zur Unterstützung der Übergangsregierung trafen am 1. März 2007 in Somalia ein. Weiterhin kam es in Mogadischu zu heftigen Kämpfen zwischen regierungstreuen Truppen, islamistischen und Hawiye-Kämpfern, die Hunderttausende in die Flucht trieben.[5]