Der langjährige Führer der Sudanesischen Volksbefreiungsbewegung (SPLM), John Garang, kam am 30. Juli 2005 bei einem Hubschrauberabsturz ums Leben. Die Nachricht vom Tod des erst am 9. Juli vereidigten Vizepräsidenten der Zentralregierung löste zunächst Befürchtungen über einen erneuten Ausbruch des Bürgerkrieges in Südsudan aus, als nach Bekanntwerden der Nachricht bei gewaltsamen Ausschreitungen in Khartum, Malakal und Dschuba 130 Personen getötet und mehr als 400 verletzt wurden. Am 5. August wurde Garangs langjähriger Stellvertreter Salva Kiir Mayardit zum neuen Chef der SPLM bestimmt und am 11. August auch als neuer Vizepräsident Sudans vereidigt.
In der am 20. September vorgestellten Regierung der nationalen Einheit, die 29 Minister umfasst, behielt die Nationale Kongresspartei (NCP) von Staatschef Umar Hasan Ahmad al-Baschir 4 von 5 Schlüsselministerien: Inneres, Verteidigung, Energie und Finanzen. Lediglich das Außenministerium wurde dem SPLM-Politiker Lam Akol anvertraut. Die SPLM hatte auch das Erdölministerium beansprucht, um die Erdöleinnahmen (und den verfassungsrechtlich zugesicherten Anteil des Südens) kontrollieren zu können. Mayerdit gab schließlich nach, um die Einsetzung der Regierung nicht weiter zu verzögern. Dafür erntete er heftige Kritik aus der SPLM, da die Regierung in dieser Form der vertraglich gesicherten Machtteilung kaum mehr entspreche. Auch die gesamte Verwaltung und alle anderen politischen Institutionen blieben vollständig in der Hand der NCP. Die Opposition im Norden des Landes zog ihre Minister aus der Regierung zurück, da sie sich in der Anzahl und Verteilung von Ressorts nicht angemessen berücksichtigt sah.
Mayerdit stellte am 21. Oktober 2005 die erste Regierung der Autonomen Region Südsudan vor, der er als Regierungschef vorsteht.