Am 31. Mai und 1. Juni 1996 fand die Wahl zum Abgeordnetenhaus statt. Die regierende Rechts-Mitte-Koalition wurde bestätigt, hatte jedoch keine Mehrheit mehr. Am 23. Juli 1996 trat das Zweite Kabinett Klaus sein Amt an. Dessen Regierung musste von den Sozialdemokraten (Vorsitzender Miloš Zeman) toleriert werden. 1997 war das Ende der wirtschaftlichen Wachstumsphase, eingeleitet durch einen Bankenkrach (12 Banken insolvent). Grund war u. a. die Verflechtung von industriellen Großkomplexen, die durch faule Kredite künstlich aufrecht erhalten wurden. Die tschechische Wirtschaft fiel in eine Rezession. Im Juni 1997 mussten bei einer Flutkatastrophe 40.000 Menschen evakuiert werden. Der Gesamtschaden betrug 2,5 Mrd. Euro.
Am 21. Januar 1997 wurde die Deutsch-Tschechische Erklärung unterzeichnet. Am 24. April 1997 hielt Präsident Havel vor dem Deutschen Bundestag eine Rede. Am 30. November 1997 trat Václav Klaus nach einer Spendenaffäre zurück. Nachfolger wurde später Josef Tošovský. Am 20. Januar 1998 wurde Präsident Václav Havel wiedergewählt. Bei der Wahl zum Abgeordnetenhaus am 28. Juni 1998 gewannen die Sozialdemokraten mit Miloš Zeman (32 %) und konnten die Regierung bilden, wurden von der oppositionellen ODS toleriert (der sogenannte Oppositionsvertrag).
Am 12. März 1999 erfolgte der Beitritt zur NATO (zusammen mit Polen und Ungarn), die Vorbereitungen für den EU-Beitritt waren ebenfalls im Gange. In Prag wurde am 25. September 2000 das Treffen des Internationalen Währungsfonds (IWF) und der Weltbank veranstaltet, begleitet von Straßenunruhen und Demonstrationen. Die Auseinandersetzungen um die Besetzung des Intendanten des Tschechischen Fernsehens Česká televize ließen 2000 u. a. auch die Feindschaft zwischen Václav Havel und Václav Klaus wieder hervorbrechen. Klaus und Občanská demokratická strana wurden beschuldigt, mehrere ihrer Anhänger in die Top-Positionen des Senders manövriert zu haben, darunter auch Jiří Hodač als Direktor. Dies löste die größten Demonstrationen in Tschechien seit 1989 aus. Als Folge trat Hodač zurück. Tschechien bekam ein neues Mediengesetz, Zweifel über die Unabhängigkeit von Česká televize waren jedoch bei weitem nicht beseitigt.
Am 28. Februar 2003 wurde der 1997 zurückgetretene Ministerpräsident Václav Klaus zum Präsidenten der Tschechischen Republik gewählt.
Am 1. Mai 2004 wurde die Tschechische Republik in die Europäische Union aufgenommen EU-Beitritt. Am 2. und 3. Juni 2006 wurde bei den Wahlen zum Abgeordnetenhaus die ČSSD von der ODS geschlagen, große Verluste erlitten auch die Kommunisten. Die SZ (Partei der Grünen) übersprang erstmals die Fünf-Prozent-Hürde. Die Regierungsbildung gestaltete sich aufgrund eines Patts im Abgeordnetenhaus zwischen den beiden Lagern schwierig. Erst Anfang 2007 fand die neue schwarz-grüne Regierungskoalition im Parlament die notwendige Unterstützung, nachdem zwei ČSSD-Abgeordnete angekündigt hatte, diese zu tolerieren. So verfügt die neue Regierung über eine Mehrheit von 100 zu 98 Abgeordneten.
Die tschechische Regierung kündigte Anfang April 2007 an, die Einkommensteuer auf einen einheitlichen Satz (Flat Tax) von etwa 20% des Bruttoeinkommens zu senken. Offiziell wird der Steuersatz als 15 Prozent angegeben, aber dieser Satz bezieht sich auf der Summe des Bruttoeinkommens und der Sozial- und Krankenversicherungsabgaben, was ein in Europa völlig neues Konzept darstellt und den Steuersatz geringer erscheinen lässt. Derzeit gibt es Steuerprogression mit vier Steuerklassen. Zugleich soll die Körperschaftssteuer von 25% auf 19% gesenkt werden und der ermäßigte USt-Satz soll erhöht werden. Mit dieser und anderen Maßnahmen will das Land nach den Autoren der Reform die Staatfinanzen sanieren, bis 2012 eurotauglich werden und ausländische Investoren anlocken.[2]