Zwischen 1471 und 1526 fiel nach seinem Tode die böhmische Krone an die polnische Dynastie der Jagiellonen. Der letzte dieser Dynastie gab durch seinen Tod in der Schlacht bei Mohács gegen die Türken die Krone wieder frei. Von 1526 bis 1918 war das heutige Tschechien habsburgisches Gebiet, nachdem die böhmischen Stände 1526 den Habsburger Ferdinand I. zum König von Böhmen gewählt hatten. 1547 kam es zum Aufstand der böhmischen Stände gegen Ferdinand I.
1583 zog Kaiser Rudolf II., Ferdinands Nachfolger, mitsamt dem Hof von Wien nach Prag, welches ein Zentrum von Kunst und Wissenschaft wurde. 1609 erließ er den Majestätsbrief der Religionsfreiheit. 1611 übernahm Rudolfs Bruder Matthias (HRR) die Macht; die Konfessionsproblematik entflammte aufs Neue.