1933 kam es zur Gründung der Sudetendeutschen Partei (SdP) durch Konrad Henlein. Am 24. April 1938 wurde das Karlsbader Programm veröffentlicht: Die SdP forderte die völlige Autonomie des Sudentenlandes. Die Gegenvorschläge der Regierung in Prag wurden abgelehnt. Am 29. September 1938 unterschrieben Hitler, Mussolini, Chamberlain und Daladier das Münchener Abkommen (das die Tschechen „Münchener Diktat“ oder „Münchener Verrat“ nennen). Die Grenzgebiete wurden von der deutschen Wehrmacht besetzt.
Am 5. Oktober 1938 trat Präsident Edvard Beneš zurück und ging daraufhin ins Exil nach Großbritannien. Sein Nachfolger wurde Emil Hácha. Am 15. März 1939 fanden der Einmarsch und die Besetzung durch deutsche Truppen statt. Es kam zur Bildung des Protektorats Böhmen und Mähren. Die Slowakei wurde als Schutzstaat des Deutschen Reiches eigenständig (1939-1945). Am 10. Juni 1942 folgte auf Statthalter Neurath Reichsprotektor Heydrich, der im Juni nach einem Attentat (27. Mai) starb. Brutale Vergeltungsmaßnahmen, u. a. die Liquidierung der Dörfer Lidice und Ležáky waren die Folge.
1945 fand die faktische Wiederherstellung der Tschechoslowakei durch das „Kaschauer Programm“ der neuen Regierung unter Premierminister Zdeněk Fierlinger statt. US-amerikanische, sowjetische und tschechoslowakische Truppen befreiten Tschechien: die in Jalta vereinbarte Demarkationslinie zwischen dem von den USA und dem von der UdSSR verwalteten Gebiet verlief entlang der Städte Budweis, Pilsen und Karlsbad.