Die Diktatur Idi Amins von 1971 bis 1979 war für die Ermordung von über 300.000 Oppositionellen verantwortlich. Angehörige anderer Volksstämme wurden getötet, asiatische Zuwanderer, vor allem Inder, die im Handel bestimmend waren, des Landes verwiesen. Amin wütete bis 1979, die Bevölkerung lebte unter ständiger Furcht vor brutalen Gewaltakten. In diese Zeit fällt auch die Operation Entebbe, die Befreiung der Geiseln eines auf dem Flug von Tel Aviv nach Paris durch arabische Terroristen entführten Flugzeuges der Air France nach Entebbe durch ein israelisches Kommandounternehmen.
Nach dem plötzlichen Angriff ugandischer Truppen auf Tansania 1978, bei dem Idi Amin die Annexion des Kagera-Gebietes im Nordwesten Tansanias beabsichtigte, wurde nach dem tansanischen Gegenangriff im April 1979 die Hauptstadt Kampala unter der Mitwirkung von ugandischen Rebellenverbänden befreit, unter denen auch der heutige Staatschef Yoweri Museveni war. Doch in den Wahlen im September 1980 kam Milton Obote wieder an die Macht, wobei ihm Wahlmanipulationen vorgeworfen wurden. Daraufhin ging Museveni mit einer Rebellenarmee gegen ihn vor. Obote ließ in seiner 2. Amtszeit wieder politische Gegner ermorden, es kam wieder zur Verfolgung ganzer Volksgruppen, Folter und Terror herrschten schlimmer als je zuvor im Land.