Der längste Fluss auf ungarischem Staatsgebiet ist die Donau (ung. Duna), an deren Flusslauf unter anderem die wichtigen Städte Komárom (Komorn), Esztergom (Gran), die Hauptstadt Budapest (Ofen-Pest), Dunaújváros, Baja und Mohács liegen. Sie fließt zunächst als Grenzfluss zwischen Ungarn und der Slowakei von West nach Ost, nach dem Donauknie bei Visegrád, einer 90°-Wendung des Flusses, fließt die Donau von Norden nach Süden Richtung Serbien. Ein weiterer langer Fluss in Ungarn ist die Theiß (ung. Tisza). Größere Städte an ihrem Lauf sind Tokaj, Tiszaújváros (früher Leninváros), Szolnok, Csongrád und Szeged. Weitere wichtige Flüsse in Ungarn sind die Drau (ung. Dráva), der Hernád, die Körös (dt. Kreisch), die Mur, die Raab (ung. Rába), Sajó und Zala.
Alle größeren Flüsse entspringen außerhalb Ungarns: Mur und Raab in Österreich, die Drau in Südtirol, die Zala in Slowenien, der Hernád in der Slowakei, die Körös in Siebenbürgen (West-Rumänien). Ungarns Hauptflüsse Donau und Theiß entspringen in Süddeutschland bzw. in der Ukraine.
Der größte See in Ungarn ist der Plattensee (ungarisch Balaton) im hügeligen Westungarn. Er ist zugleich der größte See in Mitteleuropa. Der Plattensee ist neben der Hauptstadt Budapest das wichtigste Tourismusgebiet Ungarns, vor allem wegen seiner Strände und Thermalquellen.
Ein weiterer wichtiger See ist der Velencer See (ungarisch Velencei-tó), der trotz seiner Ähnlichkeit zum Balaton touristisch wenig erschlossen ist. Im Nordosten des Sees erstreckt sich ein unbegehbares Vogelschutzgebiet, das vielen bedrohten Vogelarten Schutz bietet.
Der Neusiedler See (ungarisch Fertő-tó) liegt nur zu einem Teil in Ungarn. 75 % der Wasserfläche gehören zum Staatsgebiet Österreichs. Der Nationalpark Fertő-Hanság umfasst den ungarischen Teil des Sees sowie die Sümpfe im Süden und den Hanság und wurde 2001 zusammen mit dem österreichischen Nationalpark Neusiedler See-Seewinkel zum UNESCO-Welterbe ernannt.