Die Umweltpolitik ist auch mit dem 1991 gegründeten Ministerium für Wohnungsbau, Landesplanung und Umwelt nur langsam vorwärts gekommen. Problematisch sind unter anderen die Verunreinigung der Flüsse, die wachsende Erosion des Bodens und der fehlende Abfallkreislauf. Besonders der geplante Bau von zwei Papierfabriken am Lauf des Río Uruguay, hat zu heftigen Demonstrationen und diplomatischen Verwicklungen mit Argentinien geführt.