Der Staat der Vatikanstadt steht unter der Autorität des Heiligen Stuhls (nach internationalem Recht ein weiteres souveränes, jedoch nichtstaatliches Völkerrechtssubjekt), Staatsoberhaupt ist der Papst. Bestimmte Besitzungen des Heiligen Stuhls in und um Rom haben gemäß den Lateranverträgen exterritorialen Status, ohne aber Teil des vatikanischen Territoriums zu sein. Für die innere Sicherheit des Staates sind die Schweizer Garde und das vatikanische Gendarmeriekorps zuständig. Die äußere Sicherheit wird durch den italienischen Staat gewährleistet.
Der Papst ist als Bischof von Rom ex officio Staatsoberhaupt des Staates der Vatikanstadt und besitzt die Fülle der gesetzgebenden, ausführenden und richterlichen Gewalt (Art. 1, Abs. 1 des Grundgesetzes des Vatikanstaates[1]). Die Vatikanstadt ist damit die letzte absolute Monarchie Europas. Mit der Staatswerdung im Jahr 1929 wurde ein, 2001 reformiertes, Grundgesetz promulgiert.
Seit 1984 ist der Kardinalstaatssekretär mit der ständigen Vertretung des Papstes in der weltlichen Leitung der Vatikanstadt beauftragt.
Während der Sedisvakanz, also der Zeitspanne zwischen dem Tod des Papstes und der Wahl seines Nachfolgers, verfügt das Kardinalskollegium über alle Befugnisse des Papstes, wobei natürlich die vordringliche Aufgabe die Ausrichtung der Papstwahl, die im so genannten Konklave stattfindet, zu sehen ist. Gesetzliche Bestimmungen, die vom Kardinalskollegium während der Sedisvakanz erlassen wurden, sind nur in dringlichen Fällen zulässig und in ihrer Wirksamkeit auf die Dauer der Sedisvakanz begrenzt. Dem neu gewählten Papst steht es frei, diese Bestimmungen nach den Vorschriften des kanonischen Rechts zu bestätigen oder zu verwerfen.
Die legislative Gewalt übt, sofern sich der Papst eine Entscheidung nicht selbst oder besonderen Kurienmitgliedern vorbehalten hat, die aus sieben Kurienkardinälen bestehende Päpstliche Kommission für die Vatikanstadt aus. Sie wird vom Papst für jeweils fünf Jahre ernannt und erarbeitet Gesetzesvorschläge, die dem Papst durch das Staatssekretariat zur Begutachtung unterbreitet werden. Dabei ist sie hauptsächlich für die Festlegung der Finanz- und Haushaltspolitik der Vatikanstadt zuständig.
Die exekutive Gewalt wird vom Governatorat der Vatikanstadt ausgeübt, deren Präsident, derzeit Giovanni Lajolo, gleichzeitig auch der Vorsitzende der Päpstlichen Kommission ist. Er wird in seiner Tätigkeit von einem Generalsekretär als Leiter des Governatorats, zuständig für die zentrale Verwaltung, unterstützt. Wichtige Fragen legt der Kardinalpräsident der Kommission oder dem Staatssekretariat zur Überprüfung vor.
Die Judikative besteht aus einem Gericht erster Instanz, einem Appellations- und einem Kassationshof. Urteile werden im Namen des Papstes gefällt. Dieser hat nach dem Staatsgrundgesetz das Recht in jedweder Straf- oder Zivilsache und in jeder Phase allumfassend einzugreifen und beispielsweise die Entscheidungsbefugnis in einem Prozess einer speziellen Instanz oder auch sich selbst zu übertragen. Rechtsmittel sind in solchen Fällen nicht mehr zulässig.
Der Staat der Vatikanstadt nimmt keine diplomatischen Beziehungen zu anderen Staaten auf, sondern überlässt dies dem Heiligen Stuhl. Er ist somit auch kein Mitglied der Vereinten Nationen (während der Heilige Stuhl permanenten Beobachterstatus genießt).