Die Stadt wurde Teil des byzantinischen Reiches, bevor sie 637 den Arabern in die Hände fiel. Unter den Hamdaniden (944–1003) erreichte Aleppo eine gewisse Unabhängigkeit. Der wichtigste hamdamidische Herrscher war Saif ad-Daula (944–67). 962 wurde die Stadt durch den byzantinischen Kaiser Nikephoros Phokas zurückerobert und systematisch geplündert. Sie blieb bis 987 byzantinisch. Ab 1023 wurde die Stadt von den arabischen Mirdasiden beherrscht, bis sie 1070 durch die Seldschuken eingenommen wurde.
Die Stadt wurde 1098 und 1124 von Kreuzfahrern belagert, aber nicht erobert. Unter Nur ad-Din az-Zengi (1128–70), einem Turkmenen aus Mossul wurde Aleppo zum Zentrum des Widerstands gegen die Kreuzritter. Sein Sohn Nur ad-Din stellte die Stadtbefestigungen wieder her, unter seiner Herrschaft wurden außerdem zahlreiche wichtige Gebäude errichtet. Nach dem Tode Nur ad-Dins fiel Aleppo an den Kurden Saladin. Die Dynastie der Ajjubiden beherrschte die Stadt von 1176 bis 1260. Al-Zaher Ghazi (1193–1215), der Sohn Saladins, erneuerte die Befestigung der Zitadelle.
Aleppo blieb in arabischen Händen, bis es, wie weite Teile Nordsyriens, 1260 von den Mongolen erobert und verwüstet wurde. 1260 bis 1516 war die Stadt Teil des Mamelukken-Reiches. Die Zitadelle wurde 1292 wieder aufgebaut, aber um 1400 durch Timur erneut zerstört.